Nel corso della sua storia la cripta fu assaltata e incendiata nel 1936, durante la Guerra civile spagnola, per essere quindi utilizzata come magazzino finché non fu restaurata nel 1939. Il 20 luglio 1955 fu infine trasformata in parrocchia con la benedizione del vescovo di Barcellona Gregorio Modrego.
Nel 2002 la cripta fu nuovamente restaurata su iniziativa della Diputació de Barcellona e sotto la direzione dell'architetto Antoni González Moreno-Navarro, il cui intervento suscitò aspre critiche per il mancato rispetto della volontà originale di Gaudí.[4] Nel 2005 la cripta della Colonia Güell venne dichiarata Patrimonio dell'umanità dall'UNESCO.[5]
