La Coppa delle Coppe dell'AFC 1999-2000 è stata la 10ª edizione della torneo riservato alle squadre vincitrici delle coppe nazionali asiatiche.
Primo round
Asia occidentale
1 Al Arabi ritirata
Asia orientale
Secondo round
Asia occidentale
Asia orientale
1 Sembawang Rangers ritirata dopo l'andata
Quarti di finale
Asia occidentale
1 Al Ahli ritirata dopo i quarti e sostituita dal Navbahor Namangan; dopo è stata esclusa dalle competizioni AFC per un anno
Asia orientale
Semifinali
Finale terzo posto
Finale