La Coppa Merconorte 1999 è stata la seconda edizione del trofeo, ed è stata vinta dall'América de Cali.
Prima della fase a gironi si tenne uno spareggio tra The Strongest e Oriente Petrolero per determinare il club boliviano partecipante. Le 12 squadre partecipanti sono divise in 3 gruppi da 4, le cui prime classificate e la migliore seconda si qualificano alle semifinali.
Partecipanti
Turno preliminare
Andata
Ritorno
Fase a gironi
Gruppo A
Risultati
Atlético Nacional
2 - 3
América
El Nacional
4 - 1
Universitario
Atlético Nacional
4 - 0
El Nacional
Universitario
1 - 2
América
Universitario
2 - 2
Atlético Nacional
América
3 - 1
El Nacional
América
1 - 1
Atlético Nacional
Universitario
2 - 0
El Nacional
América
2 - 1
Universitario
El Nacional
3 - 2
Atlético Nacional
Atlético Nacional
0 - 0
Universitario
El Nacional
2 - 2
América
Classifica
Gruppo B
Risultati
The Strongest
0 - 2
Millonarios
Alianza Lima
1 - 0
Barcelona
Millonarios
0 - 1
Alianza Lima
Barcelona
4 - 0
The Strongest
Barcelona
1 - 1
Millonarios
The Strongest
3 - 2
Alianza Lima
Barcelona
0 - 0
Alianza Lima
Millonarios
3 - 2
The Strongest
The Strongest
2 - 2
Barcelona
Alianza Lima
2 - 1
Millonarios
Millonarios
1 - 2
Barcelona
Alianza Lima
2 - 0
The Strongest
Classifica
Gruppo C
Risultati
Sporting Cristal
1 - 1
Santa Fe
Emelec
5 - 3
Sporting Cristal
Caracas
3 - 1
Sporting Cristal
Santa Fe
2 - 0
Sporting Cristal
Sporting Cristal
0 - 1
Emelec
Sporting Cristal
2 - 3
Caracas
Classifica
Fase a eliminazione diretta
Tabellone
Semifinali
Andata
Ritorno
Finale
Andata
Ritorno
Verdetti
Classifica marcatori
Collegamenti esterni