La Coppa Intertoto UEFA 2007 è stata la 13ª edizione della Coppa Intertoto. Si è svolta in tre turni e le 11 squadre che hanno superato il terzo turno sono state ammesse al secondo turno di qualificazione della Coppa UEFA 2007/08.
Primo turno
Le gare di andata si sono svolte il 23 e il 24 giugno, quelle di ritorno il 30 giugno e il 1º luglio.
Secondo la formula del torneo, in vigore dal 2006, la formazione proveniente dall'Intertoto che ha successivamente effettuato il cammino più lungo in Coppa UEFA è la squadra che si aggiudica il trofeo.[3]
Questi i piazzamenti delle 11 squadre vincenti il terzo turno di Coppa Intertoto:
Amburgo: Ottavi di finale. Vince la Coppa Intertoto 2007.
^La partita è stata sospesa al minuto 45 sul risultato di 2-0 a seguito di un'invasione di campo dei tifosi polacchi con intervento delle forze dell'ordine. In seguito l'UEFA ha assegnato il 3-0 a tavolino e ha escluso il Legia Varsavia da ogni competizione europea per questa stagione e per un'altra, entro le successive 5, in cui maturasse il diritto alla partecipazione. Quest'ultima sanzione è stata sospesa e la squadra ha regolarmente partecipato alla Coppa UEFA 2008-2009.