È il secondo club più antico del Paraguay dopo l'Olimpia. Può vantare in bacheca 11 titoli nazionali[1], mentre è arrivato secondo in campionato in 15 occasioni. Annovera, inoltre, quindici partecipazioni alla Coppa Libertadores, di cui l'ultima nel 2016.
La rivalità con l'Olimpia è nota come clásico añejo, poiché essi sono i club più antichi del paese e gli unici due ad aver sempre giocato in massima serie.
Il Club Guaraní fu fondato ad Asunción il 12 ottobre 1903 e il suo nome è un omaggio al popolo Guaraní, di grande importanza nella storia e nella cultura del paese paraguaiano.