La parola in turco significa "cappello nero", in riferimento all'abbigliamento tradizionale di questa tribù. Non è chiaro se i Caracalpachi di oggi, che parlano un dialetto turco indicato talora come cumano, siano rapportabili ai Caracalpachi (in russo, "Černije Klobuki" ovvero berretti neri) che nel Medioevo costituivano un insieme di tribù turche che servivano come guardie di confine per vari principati russi.
Qualcuno ipotizza che i caracalpachi possano essersi divisi in seguito all'orda kazaka verso il 1600, altri sostengono un legame con le popolazioni Nogai, delle quali rappresenterebbero una sorta di discendenza.[senza fonte]