La quarantaduesima edizione della gara maschile Junior dei Campionati del mondo di ciclocross 2020 si svolse il 2 febbraio 2020 con partenza ed arrivo da Dübendorf in Svizzera, su un percorso iniziale di 100 mt più un circuito di 3,15 km da ripetere 4 volte per un totale di 12,7 km. La vittoria fu appannaggio del belga Thibau Nys, il quale terminò la gara in 38'50", alla media di 19,615 km/h, precedendo i connazionali Lennert Belmans e Emiel Verstrynge terzo.
I corridori che presero il via da Dübendorf furono 66, mentre coloro che tagliarono il traguardo furono 64.
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