La squadra venne fondata nel 1987 come Williamsport Bills e fu affiliata ai Cleveland Indians fino al 1988. Prese parte al suo primo campionato ufficiale nella Eastern League Eastern Division doppio A concludendo al 7º posto con il record di 60 vittorie e 79 sconfitte.
Nel 1989 venne affiliata ai Seattle Mariners prima di passare nel 1991 ai New York Mets.
Nel 1992 cambiarono stadio passando al NYSG Stadium e dopo una stagione conclusa al 2º posto con il record di 79 vittorie e 59 sconfitte i Binghamton vinsero il titolo battendo in finale gli Akron Aeros per 3 a 2.
Nel 1994 finirono per la prima volta al primo posto nella Eastern League con il record di 82 vittorie e 59 sconfitte. Vinsero per la seconda volta in tre anni il titolo, battendo in finale i Harrisburg Senators per 3 a 1.
Nel 2000 conclusero per la seconda e ultima volta per ora, al primo posto nella Eastern League con il record di 82 vittorie e 58 sconfitte, ma vennero subito eliminati al 1º turno dai New Haven Ravens per 3 a 1. Nel 2013 vinsero per la terza volta la division con il record di 86 vittorie e 55 sconfitte. Vennero eliminati al primo turno dai Trenton Thunder per 3-0.
Nel 2014 seppur arrivati secondi con un record di 83 vittorie e 59 sconfitte, vinsero battendo in finale Richmond Flying Squirrels per 3-0. Nel 2015 dopo aver chiuso ancora come secondi, vennero eliminati al primo turno dai Reading Fightin Phils per 3-0.
