Nel 1848, von Gudden conseguì il dottorato presso l'Università di Halle e divenne internista al manicomio di Siegburg sotto Carl Wigand Maximilian Jacobi (1775-1858). Dal 1851 al 1855 lavorò come psichiatra sotto Christian Friedrich Wilhelm Roller (1802-1878) nel manicomio di Illenau a Baden, poi dal 1855 al 1869, fu direttore dell'istituto psichiatrico (Unterfränkische Landes-Irrenanstalt) a Werneck. Nel 1869 fu nominato direttore dell'ospedale Burghölzli e professore di psichiatria presso l'Università di Zurigo. Nel 1872 fu nominato Obermedicinalrath e direttore dell'Alto Bavarese Kreis-Irrenanstalt (manicomio), situato a Monaco. Poco dopo, divenne professore di psichiatria presso l'Università di Monaco.
Gudden apportò molti contributi nel campo della neuroanatomia, specialmente nel suo lavoro di mappatura e descrizione dei percorsi, delle connessioni, delle origini / termini e dei centri neuroanatomici delle reti nervose craniche e ottiche. Le fibre commissurali del tratto ottico prendono il nome di commessura di Gudden, chiamati in suo onore, ed è accreditato per lo sviluppo di un microtomo utilizzato per il cervello per il suo studio patologico. Tra i suoi ben noti studenti e assistenti ci sono Emil Kraepelin (1856-1926), Franz Nissl (1860-1919), Auguste-Henri Forel (1848-1931), Sigbert Josef Maria Ganser (1853-1931) e Oskar Panizza (1853-1921).
Come direttore delle istituzioni mentali, Gudden sostenne una politica di non limitazione, un trattamento umano del malato mentale, l'interazione sociale tra i pazienti e uno staff medico ben addestrato. Queste ideologie furono applicate durante i trattamenti per i malati mentali a metà del XIX secolo.
Gudden era un rispettato psichiatra in Germania e fu nominato medico personale del re Ludovico II di Baviera.
Morte
Il 13 giugno 1886, Ludovico e Gudden furono entrambi trovati morti nell'acqua vicino alla riva del lago di Starnberg alle 11:30, presumibilmente affogati, o forse assassinati. Fino ad oggi i dettagli delle loro morti rimangono un mistero.
Dopo la morte di Gudden, i suoi lavori furono raccolti e curati dal genero, lo psichiatra Hubert von Grashey (1839-1914), che pubblicò nel 1889 "Bernhard von Gudden's gesammelte und hinterlassene Abhandlungen", una raccolta dei suoi scritti.
Opere principali
Beiträge zur Lehre von den Scabies (seconda edizione nel 1863)
Experimentaluntersuchungen über das peripherische und centrale Nervensystem. Archiv für Psychiatrie und Nervenkrankheiten, Berlin, 1870; 2: 693-723.
Ueber die Kreuzung der Fasern in Chiasma nervorum optici. in Albrecht von Graefe's Archiv für Ophthalmologie, Berlin, 1874, 2 Abth., 20: 249-268; in Albrecht von Graefe's Archiv für Ophthalmologie, Berlin, 1879, 1 Abth., 25, 1-56.
Experimentelle Untersuchungen über das Schädelwachstum (1874).
