All'inizio degli anni duemila, il Beşiktaş torna a ripetere i risultati del decennio precedente: al termine delle stagioni 2001-2002 e 2002-03 si classifica al terzo posto in campionato; nella stagione 2003-04 gioca la sua seconda finale, perdendo contro il VakıfBank Güneş Sigorta Spor Kulübü. Grazie al secondo posto in campionato, nelle stagione successiva il club debutta in Champions League, dove giunge fino ai play-off, eliminato dal Volley Bergamo.
Nella stagione 2005-06 il club ottiene l'ennesimo terzo posto in campionato. Nel 2010 il Beşiktaş termina il campionato al quinto posto, qualificandosi per la Coppa CEV.
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