Dall'unione delle squadre locali El Refugio e El Maravilla ad inizio degli anni sessanta, si formò quella che si chiamava Selección de San Carlos che giocava nella Lega di Terza Divisione. All'interno di questa divisione fu campione nel 1964, ottenendo il diritto di ascendere alla Lega maggiore di Seconda Divisione. Nella Seconda Divisione fu nuovamente vincitore e ascese alla Lega Superiore di Prima Divisione per l'anno 1965.
La sua prima partita nella Lega Superiore la giocò nello Stadio Nazionale contro il Deportivo Saprissa (campione della Lega Superiore); il punteggio fu 2 a 2, gol per San Carlos di Juan Ulloa e Hugo Jiménez.
Dal 1966 al 1970 l'ADSC partecipò ai tornei della Prima Divisione, ma discese alla Seconda Divisione nel 1971. Per 7 anni la squadra rimase in Seconda divisione fino al 1978, quando vinse nuovamente il campionato e tornò in Prima Divisione.
La squadra si mantenne per 25 anni consecutivi nella Prima Divisione, essendo la quarta squadra con più anni in Prima, solamente superata da Alajuelense, Saprissa e Herediano.
Il giorno 10 maggio dell'anno 2004 succedè quello che nessuno si aspettava, la squadra discese in seconda divisione e da quel giorno l'unico obiettivo fu ritornare in prima divisione.
Giocate 2 stagioni in seconda divisione, il 13 maggio del 2006 si raggiunse l'obiettivo di tornare in prima serie, vincendo la finale della Segunda División contro il Cartagena nell'Estadio Carlos Ugalde[1].