Il 18 ottobre 1553 fu consacrato vescovo di Caserta.
Nel 1562 pubblicò un trattato intitolato Disputationes, dove analizzò la natura degli oracoli seguendo la filosofia di Aristotele; questi suoi studi furono ripresi da Giulio Sirenio nel trattato De fato, pubblicato l'anno seguente[1]. Nelle Disputationes Bernardi sostenne inoltre, a proposito della monomachia, che il duello è legittimo secondo la ragione e la filosofia morale ma illecito sotto il punto di vista religioso[2].
Gli ultimi anni della vita li trascorse a Parma nel monastero di San Giovanni dei Cassinesi. Fu tumulato nel Duomo di Mirandola, ma il suo sepolcro andò disperso nel 1789.
In occasione del 5º centenario della sua nascita, il 30 novembre 2002, il Centro Internazionale Giovanni Pico della Mirandola gli dedicò un convegno[3].
AA. VV., Antonio Bernardi della Mirandola (1502-1565). Un aristotelico umanista alla corte dei Farnese. Atti del convegno "Antonio Bernardi nel V centenario della nascita" (Mirandola, 30 novembre 2002), a cura di M. Forlivesi, Firenze, Olschki, 2009. ISBN 978-88-222-5846-5
