Apparteneva ad una nobile famiglia tedesca che aveva già annoverato alcuni ecclesiastici. A differenza del proprio predecessore Friedrich Karl von Schönborn e di suo fratello maggiore (predecessore sempre alla sede di Würzburg), Johann Philipp Franz von Schönborn, fu tiepido sostenitore dell'architetto di corte Johann Balthasar Neumann e anche per questo incontrò l'opposizione della famiglia Schönborn che già gli era avversa per interessi personali sulla diocesi. Neumann dovette dimettersi da architetto a capo dei progetti per la diocesi, ma rimase impiegato in altre strutture.