La nave venne utilizzata come ammiraglia della Regia Marina soprattutto in missioni all'estero. Navigò in Mar Rosso in occasione dell'occupazione di Massaua, successivamente espletò numerose missioni in Sudamerica per seguire la politica di salvaguardia degli interessi commerciali italiani là presenti. Trasferita per missioni in altre acque, ritornò in America Meridionale per attività di presenza, e in tale periodo fu presente a bordo il guardiamarinaLuigi di Savoia, Duca Degli Abruzzi.
Nel 1893 rientrò definitivamente in Italia e fu trasformata nelle sovrastrutture e nell'armamento, che fu ridotto, per essere impiegata come nave scuola per gli Allievi della Regia Accademia Navale in complessive ventisei campagne di addestramento. Al termine dell'ultima campagna d'istruzione nel mare Mediterraneo occidentale, nel 1927, fu posta in disarmo e radiata dalla Regia Marina nel 1928. L'ultimo comandante dell'Amerigo Vespucci fu il capitano di fregata Augusto Radicati di Marmorito, che prese poi, nel 1931, il comando della successiva e celebre Amerigo Vespucci.