Figlio del botanico svizzero Augustin Pyrame de Candolle e di Anne-Françoise-Robertine Torras, inizialmente si dedicò a studi giuridici. Li abbandonò presto per rivolgersi alla botanica, come il padre. Prese, infatti, il suo posto di professore di storia naturale presso l'Università di Ginevra e di direttore dell'orto botanico di Ginevra.
Collaborò con il padre alla realizzazione dell'opera Prodromus systematis naturalis.
Studiò l'origine delle piante coltivate e l'importanza dei fattori ambientali sullo sviluppo degli organismi viventi; si dedicò inoltre alla stesura delle norme internazionali di nomenclaturabotanica.
Fra le sue opere si annoverano: Histoire des sciences et des savants depuis deux siècles (1872), Origines des plantes cultivées (1883), Monographie des Campanulées, Introduction à l'étude de la botanique e la sua opera più importante Géographie botanique raisonnée.
Tomba di Alphonse de Candolle nel cimitero di Chêne-Bougeries
Alphonse de Candolle, in Enciclopedia Motta, Federico Motta Editore.
(FR) Jacques Augustin Galiffe, John-Barthélemy-Gaifre Galiffe, Eugène Ritter, Louis Dufour-Vernes e Aymon Gali, Notices genealogiques sur les familles genevoises depuis les premiers temps jusqu'a nos jours, Ginevra, J. Barbezat, 1830.
