Nacque a Toledo l'8 settembre 1515, probabilmente da una famiglia di umili condizioni.[1] Iniziò a studiare letteratura e filosofia ad Alcalá de Henares e poi filosofia e teologia alla Sorbona di Parigi, dove si trasferì a diciassette anni completare i suoi studi. Qui conobbe Diego Laínez e poi Ignazio di Loyola, di cui fu uno tra i primi compagni il 15 agosto 1534.[2] Si trasferì con i compagni a Venezia, dove venne ordinato sacerdote nel 1537. Nel 1539 la Compagnia di Gesù venne approvata da papa Paolo III: con le sue prediche divenne uno dei più validi esponenti della restaurazione cattolica. Il 22 aprile 1541, pronunciò i suoi voti solenni nella Basilica di San Paolo fuori le Mura come un professo della neo costituita Compagnia di Gesù.
Sarà nuovamente presente al Concilio di Trento, con Laínez, nel maggio del 1562 per volere di papa Pio IV: questa terza partecipazione lo vide impegnato su una questione molto delicata, ovvero l'origine divina dei diritti e dei doveri dei vescovi.
Tra il 1564 e il 1582 Salmerón fu impegnato soprattutto nella predicazione e nella scrittura. La sua predicazione fu fervida, dotta e fruttuosa e suoi scritti durante questo lungo periodo voluminosi; fu aiutato in quest'opera anche da Roberto Bellarmino, il quale trascorse cinque mesi a Napoli per revisionare i suoi scritti. Realizzò inoltre un commentario di carattere esegetico e teologico in 16 volumi al Nuovo Testamento, opera uscita postuma, che costituisce l'unico monumento letterario di grandi dimensioni realizzato dai gesuiti delle origini.[4]
