Negli anni successivi la visibilità di Fugardi, inizialmente indicata come una delle promesse del cinema d'autore italiano, si affievolisce, nonostante la partecipazione ad altre pellicole, tra cui La prima volta di Massimo Martella e, da protagonista, Giorni dispari dell'esordiente Dominick Tambasco.
Al grande schermo si alternano alcune produzioni per la televisione, come la serie Giornalisti o I giorni perduti, una produzione Rai a fondo benefico per la lotta all'alcolismo giovanile. Nel 2004 è nuovamente sul grande schermo con il film della scrittrice Susanna Tamaro, all'esordio in regia, Nel mio amore. Tra il 2006 e il 2008 torna a lavorare principalmente per produzioni televisive partecipando, tra l'altro, ad alcuni episodi di Distretto di polizia e Crimini bianchi.