Durante la seconda guerra mondiale l'aeroporto fu quasi distrutto dagli inglesi. Fu poi ristrutturato negli anni '50 e riaperto per offrire voli per Addis Abeba e altre città dell'Etiopia. Con l'indipendenza dell'Eritrea negli anni '90, l'aeroporto divenne un portale internazionale per la nuova nazione.
Durante la guerra Etiopia-Eritrea, l'aeroporto è stato bombardato dagli etiopi nel 1998 e nel 2000.