Japan Airlines var stofnað árið 1951. Það var einkavætt að fullu árið 1987. Árið 2002 sameinaðist félagið Japan Air System sem var þriðja stærsta flugfélag Japans. Japan Airlines varð þá sjötta stærsta flugfélag heims. Eftir mikið tap óskaði félagið eftir gjaldþrotaskiptum árið 2010. Síðan þá hefur félagið verið endurskipulagt.