Handknattleiksárið 1943-44 var keppnistímabilið í íslenskum handknattleik sem hófst haustið 1943 og lauk sumarið 1944. Valsmenn urðu Íslandsmeistarar í karlaflokki og Ármenningar í kvennaflokki. Engir landsleikir fóru fram á tímabilinu.
Karlaflokkur
1. deild
Valsmenn urðu Íslandsmeistarar. Átta lið tóku þátt í mótinu og keppt var með útsláttarfyrirkomulagi.
1. umferð
Undanúrslit
- Valur - Fram 16:12
- Haukar - KR 20:17
Úrslitaleikur
Kvennaflokkur
1. deild
Ármenningar urðu Íslandsmeistarar í meistaraflokki kvenna á fullu húsi stiga. Keppt var í fimm liða deild með einfaldri umferð.
Íslandsmótið utanhúss
Íslandsmótið í handknattleik kvenna utanhúss var haldið sumarið 1944. Ármannsstúlkur urðu meistarar þriðja árið í röð.
Landslið
Engir formlegir landsleikir fóru fram á tímabilinu.