La reliefo di Pirenópolis esas kelke kolinoza en lua sideyo, cirkondata per rampi, monti, vali e platajo. Lua mezavalora altitudo esas 770 metri sur la marala nivelo. Multa riveri naskas en la municipo: norde e weste, la riveri apartenas a la baseno di Tocantins ed Araguaia, kontre ke sude ed este, li apartenas a la baseno dil fluvio Plata.
La klimato di Pirenópolis esas tropikala (Aw segun la klimatala klasifikuro da Köppen), kun sika sezono iranta de mayo til la duimo di septembro. La klimato esas agreabla por viziteri.
La mezavalora yarala pluvo-quanto dil urbo esas 1725,9 milimetri, e la maxim pluvoza monati esas decembro (mezavalore 310,3 mm) e januaro (mezavalore 285,9 mm).