La reliefo di Bataguassu esas preske plata, kun poka inklineso. Lua mezavalora altitudo esas 329 metri super la marala nivelo. La suli dil municipo ordinare esas obskura e poke fertila.
La klimato di Bataguassu esas tropikala (Aw segun la klimatala klasifikuro da Köppen), kun sika sezono iranta de de la duimo di mayo til septembro. La mezavalora temperaturo en junio e julio (vintro) esas 19°C, kontre ke la mezavalora temperaturo en novembro til januaro (somero) esas 26°C.[4]
La mezavalora yarala pluvo-quanto dil urbo varias inter 1200 e 1500 mm, e la maxim pluvoza monato esas januaro, kun mezavalore 233 mm.[4]
