Awalnya stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Sejak jalur ganda segmen stasiun ini hingga Stasiun Losari resmi dioperasikan mulai 17 Juni 2013[4] dan kemudian petak hingga Stasiun Prujakan mulai 4 Juli 2013,[5] operasional stasiun ini dipindahkan ke bangunan baru berukuran lebih besar yang terletak sekitar 300 meter di sebelah tenggara bangunan lama. Tata letak jalur di stasiun ini diubah sehingga kini jumlah jalurnya menjadi empat dengan jalur 2 merupakan sepur lurus arah Cirebon dan jalur 3 merupakan sepur lurus arah Semarang. Bangunan lama stasiun yang merupakan peninggalan Semarang–Cheribon Stoomtram Maatschappij (SCS) sudah tidak digunakan lagi. Selain itu, sistem persinyalan elektrik yang lama telah diganti dengan yang baru produksi PT Len Industri. Saat ini tidak ada kereta api yang berhenti di sini, kecuali jika terjadi penyusulan antarkereta api.
Pada tanggal 23 Mei2015 pukul 18.10 WIB, KA Bangunkarta tujuan Stasiun Surabaya Gubeng (KA 56) menyenggol KA angkutan pipa besar tujuan Stasiun Alastua (KA 2502) di Stasiun Waruduwur, hingga anjlok satu gerbong pembangkit, dua gerbong penumpang eksekutif, dan lokomotif dengan nomor CC206 13 23 milik Depo Lokomotif Purwokerto. Anjlokan terjadi di wesel, kemudian lokomotifnya memalang sehingga mengenai KA 2502 yang sedang berhenti di jalur 4 lantaran gerbong paling belakang belum melewati batas ruang bebas (preipal). Pada saat yang sama, kereta api semen sedang singgah di jalur 1. Salah seorang petugas pengawal kereta api barang KA 2502 yang membawa pipa mengalami patah kaki dengan luka yang serius sehingga dirawat di Rumah Sakit Ciremai, Cirebon.[7]
Pada 6 Agustus2022 pukul 20.40 WIB, terjadi kecelakaan lalu lintas antara mobil dan KA Argo Cheribon dengan nomor KA 26A pada perlintasan tanpa palang pintu di km 202+1 pada petak Stasiun Waruduwur–Stasiun Babakan, tepatnya di dekat eks halte Getrakmoyan. Empat korban tewas, lokomotif yang berdinas yaitu CC206 13 34 mengalami kerusakan, dan perjalanan beberapa kereta api terlambat hingga beberapa jam.[8]
