Salahuddin juga pernah menjabat sebagai Wakil Ketua Komnas HAM. Bersama kandidat presiden Wiranto, ia mencalonkan diri sebagai kandidat wakil presiden pada pemilu presiden 2004. Langkahnya terhenti pada babak pertama, karena menempati urutan ketiga.[3]
Salahuddin meninggal dunia [4] di RS. Harapan Kita, Jakarta, pada hari Minggu, 2 Februari 2020, sekitar pukul 20:55 WIB, setelah sebelumnya mengalami masa kritis usai menjalani bedah jantung.[5]
Setelah lulus dari studinya, Salahuddin bekerja di bidang arsitektur dan memiliki posisi pimpinan di perusahaan konstruksi, tetapi meninggalkan peran ini setelah krisis keuangan Asia.[10] Antara 1998 dan 1999, Salahuddin bertugas di Majelis Permusyawaratan Rakyat.[11] Menyusul jatuhnya Soeharto, beberapa partai politik didirikan yang terkait dengan NU, termasuk Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) dan Partai Kebangkitan Ummat (PKU). Saudara laki-laki Salahuddin dan kemudian presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur) bergabung dengan PKB, sementara Salahuddin bergabung dengan PKU. Keduanya terlibat dalam debat publik yang diterbitkan oleh surat kabar Media Indonesia selama Oktober 1998, dengan topik visi ayah mereka untuk negara tersebut.[12] Gus Dur berpendapat bahwa Hasyim mendukung Pancasila, sementara Salahuddin berpendapat bahwa ia mendukung negara yang berdasarkan pada Islam.[12] Wahid meninggalkan PKU pada September 1999.[7]
Pada 1999, Wahid mencalonkan diri sebagai Ketua PBNU. Dia menempatkan ketiga di putaran pertama pemungutan suara, tetapi mundur dari putaran kedua.[13] Kemudian, pada tahun 2002 ia menjadi wakil ketua Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (KOMNAS HAM). Dalam organisasi tersebut, ia memimpin tim yang menyelidiki Wiranto untuk pelanggaran HAM di Timor Timur setelah referendum kemerdekaan 1999, yang pada akhirnya mengeluarkan kesimpulan yang membebaskan tanggung jawab Wiranto atas pelanggaran signifikan.[11] Dia juga memimpin tim pencari fakta yang terkait dengan pelanggaran hak asasi manusia selama kerusuhan Mei 1998 dan di kamp-kamp Buru.[7]
Wiranto kemudian memilih Wahid sebagai pasangannya dalam Pemilihan umum Presiden Indonesia 2004. Wahid mewakili PKB, yang berkoalisi dengan Golkar, partai pendukung Wiranto.[11] Wahid mengundurkan diri dari komite PBNU dan KOMNAS HAM untuk ikut serta dalam pemilihan.[7] Pasangan ini menempati posisi ketiga dengan 22,15 persen suara, mencegah mereka maju ke putaran kedua yang kemudian dimenangkan oleh Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla.[14]
Pada Januari 2020, Salahuddin menjalani ablasi di Rumah Sakit Jantung Harapan Kita, Jakarta. Dia kemudian dirujuk kembali ke rumah sakit karena dia melaporkan masalah setelah prosedur, yang membutuhkan operasi pada tanggal 31 Januari. Kondisinya tidak membaik setelah operasi dan ia meninggal pada pukul 20.55 WIB pada 2 Februari.[1][16] Jasadnya akan diterbangkan pada pagi hari tanggal 3 Februari ke Jombang, di mana pemakamannya dijadwalkan pada sore hari. Dia akan dimakamkan di tanah pemakaman Tebuireng, di kompleks yang sama di dekat orang tua, kakek-nenek, dan saudaranya, Abdurrahman Wahid.[17]
