Putrajaya Sentral terdiri dari transportasi banyak moda yang terdiri dari stasiun ERL, stasiun Monorel Putrajaya (ditinggalkan saat ini), pusat taksi dan penghubung bus (bagi rapidKL dan Nadi Putra) yang melayani bus kota di sekitar Putrajaya, bus ekspres ke luar kota dan bus antar kota yang terjadwal.[1] Stasiun ini juga dilengkapi dengan berbagai restoran dan gerai yang menjual pakaian.
Dataran Putrajaya - Jalan Presint 8 - Sek Keb Presint 8 - Kelab Tasik Putra - Lebuh Perdana Barat - Jambatan Sri Perdana - Parcel A Bulatan SSAAS - Persiaran Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah - Taman Botani - Parcel E Bulatan SSAAS - Lebuh Perdana Timur - Persiaran Utara - South Klang Valley Expressway (SKVE) - Sungai Besi Expressway (BESRAYA) - Serdang Lama - MINES Waterfront Business Park - MINES (North) Toll Plaza
Jalan B15 - Damansara-Puchong Expressway (LDP) - Simpang Jalan Putra Permai - Puchong Selatan Toll Plaza - Simpang Puchong Perdana - TESCO Puchong - IOI Business Park - IOI Mall - Kolej Putra - Petaling Jaya Selatan Toll Plaza - PJS 7 / PJS 9 - Plaza Perabot LDP - Giant Hypermarket Kelana Jaya - SMK Kelana Jaya - Kelana Jaya LRT - Sime Darby Specialist Centre Megah - Simpang Jalan SS 2/55 - Kolej Damansara Utama (KDU) - Damansara Utama (Uptown) - Persiaran Bandar Utama - Sri Pentas TV3 - Lebuh Bandar Utama - Dataran Bandar Utama - Central Park Avenue - 1 Utama Shopping Centre
Balai Polis/Hospital - Jalan P9 - Jalan P9G - Jalan P8 - Kompleks EDCBA - Alamanda
Jalan P16
200
Putrajaya Sentral
Balai Polis/Hospital - Jalan P9B - Jalan P9G - Jalan P8 - P. Perdana P2, 3, & 4 - Wisma Putra - Jalan P16 - Alamanda - Kompleks EDCBA
Presint 1 Bus Terminal
300
Putrajaya Sentral
Jalan P9 - Jalan P9G - Kompleks EDCBA - Alamanda
Jalan P16
301
Putrajaya Sentral
Jalan P9B - Jalan P9 - Persiaran Perdana P2, 3 & 4
Wisma Putra
400
Putrajaya Sentral
Jalan P9 - Jalan P9G - Jalan P11 - Putra Damai - Jalan P11B & P11A - Jalan P10 - Kompleks EDCBA - Alamanda
Jalan P16
401
Putrajaya Sentral
Jalan P9 - Jalan P9G - Jalan P11 - Putra Damai - Jalan P11B & P11A - Jalan P10 - Jalan P8 - Persiaran Perdana P2, 3 & 4
Wisma Putra
500
Putrajaya Sentral
Balai Polis/Hospital - Jalan P9B - Jalan P9 - Jalan P8 - Kompleks EDCBA - Jalan P14
Jalan P15
501
Putrajaya Sentral
Balai Polis/Hospital - Persiaran Perdana P2, 3 & 4 - Wisma Putra - Jalan P16 - Alamanda - Jalan P14
Jalan P15
900
Park & Ride, Presint 1
Kompleks EDCBA
Taman Botani
Galeri
Peron sisi stasiun.
Kereta KLIA Express melewati stasiun ini. Tidak seperti KLIA Transit, kereta tersebut tidak berhenti di stasiun ini karena kereta tersebut berangkat secara non-stop dari KL Sentral ke KLIA.
Peron bus di stasiun ini. Putrajaya Sentral juga merupakan penghubung bus.