Kerabat terdekatnya adalah penguin Afrika, penguin Humboldt, dan penguin Galápagos. Penguin Magellan diberi nama setelah penjelajah Portugis Fernão de Magalhães, yang melihat burung-burung itu pada tahun 1520.[2] Spesies ini terdaftar sebagai Hampir Terancam oleh IUCN.[1]
.png){kind=small}