Nama Napitupulu dalam Bahasa Batak Toba secara harfiah merujuk kepada kata na dan pitupulu yang memiliki arti (yang) ketujuh puluh. Hal tersebut mengacu kepada:
Kata na dalam Bahasa Batak Toba merupakan kata penghubung yang memiliki arti; yang atau bahwa,
Kata pitupulu dalam Bahasa Batak Toba memiliki arti tujuh puluh.
Menurut silsilah garis keturunan Suku Batak (tarombo), Raja Napitupulu adalah generasi ketujuh dari Siraja Batak dan anak ketiga (bungsu) dari Sonak Malela.
Dalam perkembangannya, Keturunan Raja Napitupulu mengklasifikasikan diri ke dalam empat kelompok:
Salim Babiat (Sangkar Nihuta)
Raja Sipangko
Raja Sieang
Mulia Raja
Salim Babiat (Sangkar Nihuta)
Salim Babiat (Sangkar Nihuta) memperoleh satu cicit, yaitu:
Mambirbulang
Ulubalang Raja (Parjanggut Huting)
Ulubalang Raja (Parjanggut Huting) menikah dengan br. Pasaribu dan memperoleh dua orang anak, yaitu:
Raja Sieang (Sanggul Baringin) menikah dengan Tama br. Sitorus dan memperoleh empat orang anak, yaitu:
Ujung Manibal
Ulaon Gondang
Mangambit
Manaor
Mulia Raja
Mulia Raja menikah dengan dua orang istri, keduanya adalah br. Hutajulu dan memperoleh dua orang anak, yaitu:
Raja Sahala Raja
Raja Toganabolon
Raja Bona Ni Onan (Pardede)
Raja Bona ni Onan menikah dengan br. Sirait dan keturunannya cenderung menggunakan marga Pardede. Pada dekade 1970-an, marga Pardede
direstui oleh semua keturunan Sonak Malela dan resmi diangkat (dihorjahon) menjadi marga keempat dalam kelompok Sonak Malela. Oleh sebab itu juga marga Pardede sering dianggap sebagai adik dari Napitupulu.
Keturunan Raja Napitupulu memiliki hubungan erat dengan marga-marga keturunan Sonak Malela lainnya; keempat marga tersebut (Simangunsong, Marpaung, Napitupulu, dan Pardede) memegang teguh ikatan persaudaraan untuk tidak menikah antar satu dengan yang lain. Dikarenakan Raja Napitupulu merupakan anak ketiga (bungsu) dari Sonak Malela, maka seluruh marga Napitupulu dianggap lebih muda oleh marga Simangunsong dan Marpaung. Oleh sebab itu setiap keturunan dari marga Napitupulu harus memanggil abang/kakak ketika bertemu dengan marga Simangunsong dan Marpaung dan memanggil adik ketika bertemu dengan marga Pardede tanpa memperhatikan usia.
Raja Napitupulu menikah dengan br. Pasaribu, oleh sebab itu Hulahula (mataniari binsar) dari seluruh marga Napitupulu adalah marga Pasaribu.
