Sedikit dikenal secara internasional sebelum menjadi presiden, Khatami menarik perhatian selama pemilihan pertamanya menjadi presiden ketika dia menerima hampir 70% suara.[9] Khatami menjalankan platform liberalisasi dan reformasi. Selama kampanye pemilihannya, Khatami mengusulkan gagasan Dialog Antar Peradaban sebagai tanggapan terhadap teori Benturan PeradabanSamuel P. Huntington tahun 1992.[10]Perserikatan Bangsa-Bangsa kemudian memproklamirkan tahun 2001 sebagai Tahun Dialog Antar Peradaban Perserikatan Bangsa-Bangsa, atas saran Khatami.[11][12][13] Selama dua masa jabatannya sebagai presiden, Khatami menganjurkankebebasan berekspresi , toleransi dan masyarakat sipil , hubungan diplomatik yang konstruktif dengan negara lain, termasuk di Asia dan Uni Eropa , dan kebijakan ekonomi yang mendukung pasar bebas dan investasi asing.
Pada 8 Februari 2009, Khatami mengumumkan bahwa ia akan mencalonkan diri dalam pemilihan presiden 2009 [14] tetapi mengundurkan diri pada 16 Maret demi mendukung teman lama dan penasihatnya, mantan Perdana Menteri Iran Mir-Hossein Mousavi.[14] Media Iran dilarang atas perintah jaksa Teheran untuk menerbitkan gambar Khatami, atau mengutip kata-katanya, karena dukungannya untuk kandidat reformis yang kalah dalam pemilihan kembali Mahmoud Ahmadinejad 2009 yang disengketakan.[15]
^"The Struggle for Iran". The Weekly Standard. 22 February 2010. Diarsipkan dari versi asli tanggal 28 June 2011. Diakses tanggal 11 November 2012.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)