Madrasah ini bernama Madrasah Aliyah Alhikmah 2 ( baca: MALHIKDUA SCHOOL). Lahir dari sebuah lembaga non formal yakni pondok pesantren. Secara resmi kelembagaan, MA Alhikmah 2 Benda mengajukan izin operasional mulai tahun 1990 ke Departemen Agama. Namun sebenarnya Madrasah ini sudah ada sejak 1981, yang kala itu masih bergabung dengan Madrasah Muallimin dan Muallimat. Seiring perkembangan siswanya ( th 1981) yang tidak memuaskan, maka pihak yayasan mencoba menempelkan label Negeri dengan maksud untuk menarik calaon siswa baru, maka jadilah pada tahun 1983 sampai dengan 1987 MA Alhikmah 2 menjadi Madrasah Aliyah Fillial MAN Babakan. Namun masa-masa ini tidak berlangsung lama, 1990 pihak pengelola mengajukan permohonan baru untuk pendirian MA Alhikmah 2 Swasta, dan pada tanggal 30 Oktober 1990 Departemen Agama mengeluarkan SK No. WK/5.d/210/Pgm/MA/1990 dengan jurusan A1,A2 ( Jurusan Agama dn IPS) . Jumlah siswa pada saat itu hanya sekitar 160 ( 90 Siswa jurusan Agama, 70 Siswa Jurusan IPS)
* Periode Pengembangan
Tahun 1994 merupakan tahun di mana Madrasah ini mengalami sekian banyak perubahan dan pengembangan yang antara lain:
Pada tahun ini status Madrasah berubah dari terdaftar menjadi diakui (mulai 1993)
Status Madrasah berubah dari sekolah Agama menjadi SLTA berciri khas agama (sama dengan SMA) dengan jurusan IPA dan IPS; keputusan Mendiknas. Dampak dari kebijakan ini, Madrasah memandang perlu mempertahankan jurusan Agama yang menjadi kekuatan di MA ( didasari dengan fakta pada tahun 1990 peminat yang paling banyak jurusan Agama). Pengelola mengambil kebijakan dengan mendirikan MA Program Keagamaan ( MAK).
Pada tahun ini pula (1994) Madrasah memandang perlu membekali siswanya dengan satu keterampilan (vocational skill) yakni Keterampilan KOMPUTER, dengan membuka program keterampilan Komputer setara D1 ( baca: Spesifikasi; istilah lain program ekstrakurikuler terstruktur) dengan kurikulum mengadopsi dari kurikulum keterampilan LPK Vicentura Jombang Jawa Timur. Dan menamakan diri dengan nama MA Alhikmah 2 Plus ( dan berturut-turut berubah: MA Unggulan; MA Terpadu )
Revolusi yang dilakukan pada tahap pertama ( pada point 3 ) mendapat sambutan yang positif dari berbagai pihak, itulah sebabnya, maka pada tahun 1998 madrasah ini mengajukan akreditasi Disamakan, dan mengembangkan program keterampilannya menjadi 6 program keterampilan, antara lain: (1) Program Keterampilan Komputer Setara D1, (2) Bahasa Inggris, (3) Tatabusana, (4) Pertanian berbasis Perikanan, (5) Pengelasan, (6) Kitab Turats ( kitab kuning).
Sementara MAK ( jurusan Agama) pada tahun ini mengalami modifikasi dengan masa belajar yang tidak hanya 3 tahun tetapi menjadi 4 tahun dengan stressing uatama pengeusaan keterampilan berbahasa Arab dan Berbahasa Inggris serta penguasaan ilmu agama.
Kini pada tahun 2006 ini, MA Al hikmah 2 dengan status Terakreditasi A ( 2005) sudah menjadi sebuah Madrasah Aliyah yang berbeda dengan Madrasah aliyah yang lain.
* LETAK GEOGRAFIS
Madrasah Aliyah Alhikmah 2 Benda terletak di daerah lembah yang dikelilingi oleh pegunungan. Sebelah barat gunung Selamet. Tepatnya terletak di desa Benda Kecamatan Sirampog Kabupaten Brebes Jawa Tengah, kurang lebih 7 KM dari kota Bumiayu. Menempati areal tanah seluas 6 ha berada di ketinggian 200 m dari permukaan laut.
