Chakwera memperoleh gelar Sarjana Seni dalam bidang Filsafat dari Universitas Malawi pada tahun 1977. Dia belajar teologi dan memperoleh gelar BA Honours dari Universitas Limpopo di Afrika Selatan, kemudian Magister dari Universitas Afrika Selatan pada tahun 1991.[3] Pada tahun 2000, ia memperoleh gelar doktor dari Trinity International University, di Amerika Serikat.[4]