Kromatografi pertukaran ion adalah salah satu teknik pemurnian senyawa spesifik di dalam larutan campuran.^[1] Prinsip utama dalam metode ini didasarkan pada interaksi muatan positif dan negatif antara molekul spesifik dengan matriks yang berada di dalam kolom kromatografi.^[1] Metode ini pertama kali dikembangkan oleh seorang ilmuwan bernama Thompson pada tahun 1850.^[2] Secara umum, teradapat dua jenis kromatografi pertukaran ion, yaitu:

• Kromatografi pertukaran kation, bila molekul spesifik yang diinginkan bermuatan positif dan kolom kromatografi yang digunakan bermuatan negatif.^[3] Kolom yang digunakan biasanya berupa matriks dekstran yang mengandung gugus karboksil (-CH₂-CH₂-CH₂SO₃- dan -O-CH₂COO-).^[1] Larutan penyangga (buffer) yang digunakan dalam sistem ini adalah asam sitrat, asam laktat, asam asetat, asam malonat, buffer MES dan fosfat.^[3]
• kromatografi pertukaran anion, bila molekul spesifik yang diinginkan bermuatan negatif dan kolom kromatografi yang digunakan bermuatan positif.^[3] Kolom yang digunakan biasanya berupa matriks dekstran yang mengandung gugus -N+(CH3)3, -N+(C2H5)2H, dan –N+(CH3)3.^[3] Larutan penyangga (buffer) yang digunakan dalam sistem ini adalah N-metil piperazin, bis-Tris, Tris, dan etanolamin.^[3]

Metode ini banyak digunakan dalam memisahkan molekul protein (terutama enzim).^[2] Molekul lain yang umumnya dapat dimurnikan dengan menggunakan kromatografi pertukaran ion ini antara lain senyawa alkohol, alkaloid, asam amino, dan nikotin.^[2]