Konfrontasi Indonesia-Malaysia
Bagian dari Pembentukan Malaysia dan Perang Dingin
Seorang tentara Inggris ditarik oleh helikopter Westland Wessex selama operasi di Kalimantan, Agustus 1964
Tanggal 20 Januari 1963 –11 Agustus 1966 (3 tahun, 6 bulan, 3 minggu dan 1 hari) Lokasi Semenanjung Malaka, Kalimantan Hasil Kemenangan Persemakmuran Bangsa-Bangsa Indonesia menerima pembentukan Malaysia Soekarno digantikan oleh Soeharto menyusul upaya kudeta G30S Pemberontakan Komunis di Sarawak berlanjut hingga tahun 1989
Pihak terlibat
Persemakmuran Bangsa-Bangsa  Britania Raya  Malaysia[a] Singapura[b]  Brunei  Australia  Selandia Baru	Indonesia Aliansi partai: PKI[1][2] PKKU[3][4][5] PRB[6]
Tokoh dan pemimpin
Tuanku Syed Putra Ismail Nasiruddin Tunku Abdul Rahman Abdul Razak Hussein Tunku Osman Mustapha Harun Pengiran Ahmad Raffae Fuad Stephens Peter Lo Sui Yin Abang Openg Stephen Kalong Ningkan Yusof Ishak Lee Kuan Yew Omar Ali Saifuddien III Harold Macmillan Alec Douglas-Home Harold Wilson Rodney Moore Walter Walker	Soekarno Soebandrio Chaerul Saleh Omar Dhani Ahmad Yani R. E. Martadinata A. H. Nasution Soeharto D.N. Aidit Wen Ming Chyuan Lam Wah Kwai Bong Kee Chok Ang Cho Teng A. M. Azahari Yassin Affandi
Korban
Militer: 822 tewas[7][8] 181 terluka[7][8] Sipil: 36 tewas[7][8] 53 terluka[7][8] 4 ditangkap[7][8] 140 tewas (termasuk 44 gurkha)[9] 52 terluka[butuh rujukan] 23 killed[10] 8 wounded[10] 12 tewas[11] 16 terluka[butuh rujukan] 9 tewas[12] beberapa terluka Gurkha 44 tewas[butuh rujukan] 83 terluka[butuh rujukan]	Jumlah: 590 tewas[7] 222 terluka[7][8] 771 ditangkap[7]

Bagian dari seri artikel mengenai
Sejarah Malaysia
Prasejarah Malaysia Prasejarah Malaysia sebelum abad ke-6
Kerajaan Awal Gangga Negara abad ke-2–11 Langkasuka abad ke-2–14 Chi Tu abad ke-2–6 Pan Pan abad ke-3–5 Kedah Tua abad ke-5–9 Pahang Tua abad ke-5–15 Melayu abad ke-6 Srivijaya 650–1288 Majapahit 1293–1500
Kebangkitan Negara-Negara Muslim Kesultanan Kedah 1136–sekarang Kesultanan Samudera Pasai 1267–1521 Kesultanan Brunei 1368–sekarang Kesultanan Malaka 1402–1511 Kesultanan Sulu 1450–1899 Kesultanan Pahang 1470–1623 Kesultanan Aceh 1496–1903 Kesultanan Pattani 1516–1902 Kesultanan Perak 1528–sekarang Kesultanan Johor 1528–sekarang Kesultanan Sarawak 1599–1641 Kesultanan Selangor 1745–sekarang Kerajaan Besut 1780–1899 Kerajaan Setul 1808–1916 Kerajaan Reman 1810–1902 Kerajaan Kubang Pasu 1839–1864 Dinasti Jamalullail 1843–sekarang
Era Kolonial Malaka Portugis 1511–1641 Perang Belanda-Portugis 1601–1661 Malaka Belanda 1641–1824 Kerajaan Pahang 1770–1881 Negeri-Negeri Selat 1786–1946 Invasi Siam ke Kedah 1821–1826 Perjanjian Inggris-Belanda 1824 Perjanjian Burney 1826 Perang Naning 1831–1832 Kerajaan Sarawak 1841–1946 Koloni Mahkota Labuan 1848–1946 Perang Saudara Pahang 1857–1863 Peperangan Larut 1861–1874 Perang Klang 1867–1874 Perjanjian Pangkor 1874 Perang Perak 1875–1876 Malaya Britania / Borneo 1874–1946 Perang Saudara Jementah 1879 Borneo Utara 1882–1946 Negeri-Negeri Melayu Bersekutu 1895–1946 Perjanjian Inggris-Siam 1909 Negeri-Negeri Melayu Tidak Bersekutu 1909–1946 Pertempuran Penang 1914 Pemberontakan Kelantan 1915
Perang Dunia II Pendudukan Jepang di Malaya / Borneo 1941–1945 Kampanye Malaya 1941–1942 Kampanye Borneo 1941–1942 Pertempuran Muar 1942 Pembantaian Parit Sulong 1942 Pertempuran Singapura 1942 Sook Ching 1942 Syburi 1942 Pawai Kematian Sandakan 1942–1945 Si Rat Malai 1943–1945 Pemberontakan Jesselton 1943–1944
Era Formatif AMB Malaya/Borneo 1945–1946 Koloni Mahkota Borneo Utara 1946–1963 Koloni Mahkota Sarawak 1946–1963 Gerakan Anti-penyerahan 1946–1963 Uni Malaya 1946–1948 Federasi Malaya 1948–1963 Kedaruratan Malaya 1948–1960 Perundingan Baling 1955 Kemerdekaan Malaya 1957 Pemerintahan Sendiri Singapura 1959 Pemerintahan Sendiri Borneo Utara 1963 Konfrontasi 1963–1966 Pemerintahan Sendiri Sarawak 1963 Pembentukan Malaysia 1963 Singapura di Malaysia 1963–1965 Deklarasi ASEAN 1967 Pemberontakan Komunis Kedua 1968–1989 Kebijakan Ekonomi Baru 1971–1990 Perjanjian Damai Hat Yai 1989
Era Barisan Nasional Wilayah Federal Kuala Lumpur 1974 Sengketa Pedra Branca 1979–sekarang Sengketa Laut Tiongkok Selatan (Kepulauan Spratly) 1980–sekarang Wilayah Federal Labuan 1984 Peristiwa Memali 1985 Operasi Lalang 1987 Krisis Konstitusional 1987–1988 Kebijakan Pembangunan Nasional 1990–2000 Visi 2020 1991–2020 Amandemen Kekebalan Kerajaan 1993 Krisis Finansial 1997–1998 Pesta Olahraga Persemakmuran 1998 1998 Gerakan Reformasi 1998–sekarang Wabah Virus Nipah Malaysia 1998–1999 Pembukaan Menara Kembar 1999 Wilayah Federal Putrajaya 2001 Pandemi H1N1 di Malaysia 2009–2010 Konsep 1Malaysia 2009–2018 Skandal 1MDB 2015–sekarang Deklarasi Rakyat Malaysia 2016
Era Pakatan-Perikatan PU14 – Perubahan Pemerintahan 2018 Konflik Air Singapura 2018 Protes ICERD 2018 RUU Status Negara Bagian Borneo 2019 Penurunan takhta Muhammad V 2019 Amandemen Pemungutan Suara18 2019 Visi Kesejahteraan Bersama 2030 2019–2030 Pandemi COVID-19 2020–sekarang Langkah Sheraton 2020–sekarang Perintah Kendali Pergerakan 2020–sekarang Sengketa Sabah 2020 2020 Pemilu Awal Sabah 2020 Keadaan Darurat 2021 2021 Vaksinasi COVID-19 2021–sekarang
Insiden Pemberontakan Brunei 1962–1966 Sengketa Borneo Utara (Serangan Militan Filipina) 1962–sekarang Kerusuhan Rasial Singapura 1964 Klaim Limbang Brunei 1967–2009 Kerusuhan Penang Hartal 1967 Insiden 13 Mei 1969 Sengketa Sipadan dan Ligitan 1969–2002 Krisis Polusi Asap Malaysia 1972–sekarang Krisis Sandera Gedung AIA 1975 Pengeboman Tugu Negara 1975 Kebakaran Kompleks Perbelanjaan Campbell 1976 Kecelakaan Sabah Air GAF Nomad 1976 Insiden MH653 1977 Kedaruratan Kelantan 1977 Serangan Fajar 1981 Penyergapan Lahad Datu 1985 1985 Peristiwa Memali 1985 Kedaruratan Sabah 1986 Peristiwa Ming Court 1987 Kebakaran Madrasah Taufiqiah Al-Khairiah 1989 1989 Badai Tropis Greg 1996 Insiden Al-Ma'unah 2000 Kerusuhan Kampung Medan 2001 2001 Tsunami 2004 di Malaysia 2004 Pembunuhan Altantuyaa 2006 Himpunan Bersih 2007–2016 Himpunan HINDRAF 2007 Rapat Anti ISA 2009 Serangan terhadap Gereja di Malaysia 2010 2010 Himpunan Kebangkitan Rakyat 2013 2013 Himpunan Black-Out 2013 Kebuntuan Lahad Datu 2013 Insiden MH370 2014 Insiden MH17 2014 Banjir Malaysia 2014–15 2014–2015 Gempa bumi Sabah 2015 2015 Himpunan Martabat Melayu 2015 Serangan granat Movida Bar 2016 Pembunuhan Kim Jong-nam 2017 Kebakaran Madrasah Darul Quran Ittifaqiyah 2017 Kerusuhan Kuil Sri Maha Mariamman 2018 Protes ICERD 2018 Banjir Malaysia 2020–21 2021 Protes Undi-18 2021 Tabrakan Kereta LRT 2021 Kontrak Dokter Hartal 2021 Banjir Malaysia 2021–2022 2021–sekarang
Per Topik Komunikasi Ekonomi Militer
l b s

Bagian dari seri mengenai
Sejarah Indonesia
Prasejarah Manusia Jawa 1.000.000 BP Manusia Flores 94.000–12.000 BP Bencana alam Toba 75.000 BP Kebudayaan Buni 400 SM
Kerajaan Hindu-Buddha Kerajaan Kutai 400–1635 Kerajaan Kalingga 424–782 Kerajaan Tarumanagara 450–900 Kerajaan Melayu 671–1347 Kerajaan Sriwijaya 671–1028 Kerajaan Sunda 662–1579 Kerajaan Galuh 669–1482 Kerajaan Mataram 716–1016 Kerajaan Bali 914–1908 Kerajaan Kahuripan 1019–1045 Kerajaan Janggala 1045–1136 Kerajaan Kadiri 1045–1221 Kerajaan Singasari 1222–1292 Kerajaan Majapahit 1293–1478
Kerajaan Islam Penyebaran Islam 800–1600 Kesultanan Peureulak 840–1292 Kerajaan Haru 1225–1613 Kesultanan Ternate 1257–1914 Kesultanan Samudera Pasai 1267–1521 Kesultanan Bone 1300–1905 Kerajaan Kaimana 1309–1963 Kesultanan Gowa 1320–1905 Kesultanan Limboto 1330–1863 Kerajaan Pagaruyung 1347–1833 Kesultanan Brunei 1368–1888 Kesultanan Gorontalo 1385–1878 Kesultanan Melaka 1405–1511 Kesultanan Sulu 1405–1851 Kesultanan Cirebon 1445–1677 Kesultanan Demak 1475–1554 Kesultanan Bolango 1482–1862 Kesultanan Aceh 1496–1903 Kesultanan Banten 1526–1813 Kesultanan Banjar 1526–1860 Kerajaan Kalinyamat 1527–1599 Kesultanan Johor 1528–1877 Kesultanan Pajang 1568–1586 Kesultanan Mataram 1586–1755 Kerajaan Fatagar 1600–1963 Kesultanan Jambi 1615–1904 Kesultanan Bima 1620–1958 Kesultanan Palembang 1659–1823 Kesultanan Sumbawa 1674–1958 Kesultanan Kasepuhan 1679–1815 Kesultanan Kanoman 1679–1815 Kesultanan Siak 1723–1945 Kesunanan Surakarta 1745–1946 Kesultanan Yogyakarta 1755–1945 Kesultanan Kacirebonan 1808–1815 Kesultanan Deli 1814–1946 Kesultanan Lingga 1824–1911
Kerajaan Kristen Kerajaan Soya 1200–sekarang Kerajaan Bolaang Mongondow 1320–1950 Kerajaan Manado 1500–1670 Kerajaan Siau 1510–1956 Kerajaan Larantuka 1515–1904 Kerajaan Sikka Kerajaan Tagulandang 1570–1942 Kerajaan Manganitu 1600–1944
Kolonialisme Eropa Portugis 1512–1850 VOC 1602–1800 Jeda kekuasaan Prancis dan Britania 1806–1815 Hindia Belanda 1800–1949
Kemunculan Indonesia Kebangkitan Nasional 1908–1942 Pendudukan Jepang 1942–1945 Revolusi Nasional 1945–1949
Kemerdekaan Hari Patriotik 23 Januari 1942 1942 Revolusi Nasional Indonesia 1945–1949 Masa Kemerdekaan 1945–1949 Republik Indonesia Serikat 1949–1950 Demokrasi Liberal 1950–1959 Demokrasi Terpimpin 1959–1965 Transisi 1965–1966 Orde Baru 1966–1998 Reformasi 1998–sekarang
Menurut topik Arkeologi Mata uang Ekonomi Militer
Garis waktu
Portal Indonesia
l b s

Konfrontasi Indonesia–Malaysia atau Konfrontasi Borneo (juga dikenal dalam Bahasa Indonesia / Melayu sebagai Konfrontasi) adalah konflik bersenjata dari tahun 1963 hingga 1966 yang bermula dari penentangan Indonesia terhadap pembentukan Federasi Malaysia. Setelah presiden Indonesia Soekarno digulingkan pada tahun 1966, perselisihan berakhir secara damai dan negara Malaysia terbentuk.

Pembentukan Malaysia adalah penggabungan Federasi Malaya (sekarang Semenanjung Malaysia), Singapura dan koloni mahkota Inggris di Borneo Utara dan Sarawak (secara kolektif dikenal sebagai Borneo Inggris, sekarang Malaysia Timur) pada September 1963.^[13] Perintis penting konflik tersebut termasuk kebijakan konfrontasi Indonesia melawan Nugini Belanda dari Maret–Agustus 1962 dan Pemberontakan Brunei pada Desember 1962. Malaysia mendapat dukungan militer langsung dari Britania Raya, Australia, dan Selandia Baru. Indonesia mendapat dukungan tidak langsung dari Uni Soviet dan Tiongkok, sehingga menjadikannya salah satu bagian Perang Dingin di Asia.

Konflik tersebut merupakan perang yang tidak diumumkan dengan sebagian besar aksi terjadi di daerah perbatasan antara Indonesia dan Malaysia Timur di pulau Kalimantan. Konflik tersebut ditandai dengan pertempuran darat yang terkendali dan terisolasi, diatur dalam taktik brinkmanship tingkat rendah. Pertempuran biasanya dilakukan oleh operasi seukuran kompi atau peleton di kedua sisi perbatasan. Kampanye infiltrasi Indonesia ke Kalimantan berusaha untuk mengeksploitasi keragaman etnis dan agama di Sabah dan Sarawak dibandingkan dengan Malaya dan Singapura, dengan maksud mengungkap negara yang diusulkan Malaysia.

Medan hutan Kalimantan dan kurangnya jalan yang melintasi perbatasan Malaysia-Indonesia memaksa pasukan Indonesia dan Persemakmuran untuk melakukan patroli jarak jauh. Kedua belah pihak mengandalkan operasi infanteri ringan dan transportasi udara, meskipun pasukan Persemakmuran menikmati keuntungan dari penyebaran helikopter yang lebih baik dan pasokan ke pangkalan operasi yang akan datang. Sungai juga digunakan sebagai metode transportasi dan infiltrasi. Meskipun operasi tempur terutama dilakukan oleh pasukan darat, pasukan lintas udara memainkan peran pendukung yang vital dan pasukan angkatan laut memastikan keamanan sisi-sisi laut. Inggris memberikan sebagian besar upaya pertahanan, meskipun pasukan Malaysia terus meningkatkan kontribusi mereka, dan ada kontribusi berkala dari pasukan Australia dan Selandia Baru dalam gabungan Cadangan Strategis Timur Jauh yang ditempatkan saat itu di Malaysia Barat dan Singapura.^[14]

Serangan awal Indonesia ke Malaysia Timur sangat bergantung pada sukarelawan lokal yang dilatih oleh Angkatan Darat Indonesia. Seiring waktu, pasukan infiltrasi menjadi lebih terorganisir dengan masuknya komponen pasukan Indonesia yang lebih substansial. Untuk mencegah dan mengganggu kampanye infiltrasi yang berkembang di Indonesia, Inggris merespons pada tahun 1964 dengan meluncurkan operasi rahasia mereka sendiri ke Kalimantan (Indonesia) dengan nama sandi Operasi Claret. Bertepatan dengan Soekarno mengumumkan "tahun penuh bahaya" dan kerusuhan rasial Singapura 1964, Indonesia meluncurkan kampanye operasi yang diperluas ke Malaysia Barat pada 17 Agustus 1964, meskipun tanpa keberhasilan militer.^[15] Penumpukan pasukan Indonesia di perbatasan Kalimantan pada bulan Desember 1964 membuat Inggris mengerahkan pasukan yang signifikan dari Komando Strategis Angkatan Darat yang berbasis di Inggris dan Australia dan Selandia Baru mengerahkan pasukan tempur roulement dari Malaysia Barat ke Kalimantan pada tahun 1965–66. Intensitas konflik mulai mereda menyusul kudeta Oktober 1965 dan jatuhnya kekuasaan Soekarno kepada Jenderal Soeharto. Negosiasi perdamaian yang serius antara Indonesia dan Malaysia dimulai pada Mei 1966, dan kesepakatan damai terakhir ditandatangani pada 11 Agustus 1966 dengan Indonesia secara resmi mengakui Malaysia.^[16]

Sebelum Konfrontasi, Sukarno berupaya mengembangkan kebijakan luar negeri Indonesia yang mandiri, dengan fokus utama menganeksasi Nugini Belanda untuk menyudahi Perang Kemerdekaan Indonesia, serta membangun kredibilitas Indonesia sebagai kekuatan internasional dengan agenda tersendiri yang berbeda dari Dunia Pertama dan Dunia Kedua. Indonesia adalah negara penting dalam perkembangan Gerakan Non-Blok, dan menjadi tuan rumah Konferensi Bandung pada tahun 1955. Indonesia secara gigih memperjuangkan akuannya atas Nugini Belanda dari tahun 1950 hingga 1962, meskipun menghadapi berbagai penentangan di Majelis Umum PBB untuk mendapatkan pengakuan klaimnya dari dunia internasional.

Setelah dilanda krisis separatisme pada tahun 1958, termasuk terjadinya pemberontakan Permesta di Indonesia timur dan deklarasi Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia, Indonesia muncul sebagai kekuatan militer yang berpengaruh dan berkembang di Asia Tenggara.^[17] Badan Intelijen Pusat Amerika Serikat (CIA), melalui anak organisasinya yang berbasis di Taiwan, Civil Air Transport (CAT), secara diam-diam memberikan dukungan kepada pemberontak di pulau-pulau terpencil, dengan tujuan untuk melemahkan atau menggulingkan rezim Presiden Sukarno. Sejak tahun 1957, CIA semakin kerap berhubungan dengan para pemimpin militer di Sumatra dan Sulawesi yang kritis terhadap rezim Sukarno. Menjelang akhir tahun 1957, pengiriman senjata dan amunisi ke Sumatra dengan menggunakan kapal dagang dan kapal selam Amerika semakin sering terjadi. Namun, Amerika percaya bahwa agar bantuan rahasia tersebut efektif, operasi semacam itu memerlukan bantuan dari pangkalan militer Inggris di Singapura untuk mengisi bahan bakar dan mendukung misi CAT yang diluncurkan dari Bangkok, Taiwan, atau Filipina.^[18] Dengan masuknya bantuan senjata dari Soviet, Indonesia makin gencar mengajukan klaimnya atas Nugini Belanda. Pertikaian diplomatik mencapai puncaknya pada tahun 1962 ketika Indonesia meluncurkan upaya penyusupan besar-besaran melalui udara dan laut ke Nugini Belanda. Meskipun pasukan penyusup dikalahkan oleh pasukan Belanda dan Papua, Indonesia menunjukkan ancaman serius akan ambisinya untuk menginvasi Nugini Belanda. Belanda, yang menghadapi tekanan diplomatik yang makin meningkat dari Indonesia, serta dari Amerika yang ingin memastikan bahwa Indonesia tidak berpihak pada Komunis, akhirnya menyerah dan sepakat untuk mengadakan perundingan diplomatik. Kesepakatan tersebut memungkinkan Indonesia menguasai wilayah Papua Barat melalui jajak pendapat penentuan nasib sendiri (Penentuan Pendapat Rakyat) di wilayah tersebut pada tahun 1969. Dengan demikian, pada akhir tahun 1962, Indonesia meraih kemenangan diplomatik yang signifikan, yang makin memperkuat persepsi dirinya sebagai kekuatan regional yang penting. Dalam konteks kemenangan diplomatik inilah Indonesia lalu mengarahkan perhatiannya pada rencana Inggris yang hendak membentuk negara Malaysia bersatu.

Sebelum pemerintah Inggris mengumumkan kebijakan Timur Suez pada tahun 1968, mereka sudah mulai mengevaluasi ulang komitmennya untuk mempertahankan keberadaan pasukannya di Timur Jauh sejak akhir 1950-an. Di Asia Tenggara, Inggris berusaha menggabungkan koloninya di Borneo Utara dengan Federasi Malaya (yang telah merdeka dari Inggris pada tahun 1957), dan Singapura (yang telah memiliki pemerintahan sendiri sejak 1959). Pada bulan Mei 1961, pemerintah Inggris dan Malaya mengusulkan pembentukan federasi yang lebih besar bernama Malaysia, yang mencakup Malaya, Borneo Utara, Sarawak, Brunei, dan Singapura. Awalnya, Indonesia mendukung federasi yang diusulkan ini, meskipun Partai Komunis Indonesia (PKI) menentangnya dengan tegas.^[1]

Di Brunei, tidak jelas apakah Sultan Omar Ali Saifuddien III akan mendukung Brunei bergabung dengan negara Malaysia bentukan Inggris, karena dengan bergabungnya Brunei, kewenangan politik Sultan akan berkurang, serta didukung oleh pendapatan minyak Brunei yang memastikan Brunei tetap mampu secara finansial jika memilih merdeka. Selain itu, seorang politisi Brunei bernama Dr. AM Azahari bin Sheikh Mahmud, meskipun mendukung penyatuan Borneo Utara, menentang penggabungan Brunei ke dalam Federasi Malaysia. Pada tahun 1961, ia menjajaki peluang memperoleh bantuan dari Indonesia untuk melatih prajurit Borneo. Jenderal Abdul Haris Nasution kemudian setuju untuk memberikan dukungan moral, dan Soebandrio, menteri luar negeri Indonesia sekaligus kepala intelijen, memberi isyarat untuk memberikan bantuan yang lebih substansial. Azahari adalah seorang tokoh sayap kiri yang pernah bertempur di Indonesia saat perang kemerdekaan. Setelah pertemuan tersebut, Indonesia mulai melatih pasukan sukarelawan kecil yang disebut Tentara Nasional Kalimantan Utara (TNKU) di Kalimantan.^[1]

Pada tanggal 8 Desember 1962, TNKU melancarkan Pemberontakan Brunei. Pemberontakan ini berakhir dengan kegagalan total, karena pasukan yang tidak terlatih dan dipersenjatai dengan buruk tidak mampu mencapai tujuan utamanya untuk menangkap Sultan Brunei, mengambil alih ladang minyak Brunei, atau menyandera orang Eropa. Dalam hitungan jam setelah pemberontakan dilancarkan, pasukan Inggris yang bermarkas di Singapura segera dikerahkan untuk menanggapi pemberontakan tersebut. Kegagalan pemberontakan tersebut terlihat jelas dalam waktu 30 jam ketika pasukan Gurkha yang diterbangkan dari Singapura mengambil alih kota-kota di Brunei dan memastikan keselamatan Sultan.

Dukungan Indonesia untuk TNKU masih menjadi perdebatan. Meskipun pada saat itu Indonesia menyangkal keterlibatannya secara langsung, Indonesia mendukung tujuan TNKU untuk menggagalkan terbentuknya Federasi Malaysia. Setelah kegagalan militer TNKU di Brunei, pada tanggal 20 Januari 1963, Menteri Luar Negeri Indonesia Subandrio mengumumkan bahwa Indonesia akan menerapkan kebijakan Konfrontasi dengan Malaysia, bertentangan dengan kebijakan sebelumnya yang mendukung rencana Inggris. Kebijakan tersebut disusul oleh penyusupan pasukan Indonesia ke wilayah Malaysia pada tanggal 12 April 1963, ketika sebuah kantor polisi di Tebedu, Sarawak, diserang.^[19]

Pada tahun 1961, Pulau Borneo terbagi menjadi empat wilayah terpisah. Kalimantan, yang terdiri dari empat provinsi Indonesia, berada di bagian selatan pulau tersebut. Di bagian utara, terdapat Kesultanan Brunei (sebuah protektorat Inggris) serta dua koloni Inggris, yakni Borneo Utara (kelak dinamai Sabah) dan Sarawak.

Tiga wilayah Inggris di Borneo memiliki populasi sekitar 1,5 juta orang, dengan separuhnya adalah suku Dayak. Sarawak memiliki populasi sekitar 900.000 jiwa, Sabah sekitar 600.000, dan Brunei sekitar 80.000. Sedangkan penduduk non-Dayak di Sarawak, 31% adalah etnis Tionghoa dan 19% adalah Melayu. Di Sabah, 21% non-Dayak adalah etnis Tionghoa dan 7% adalah Melayu, sedangkan di Brunei, populasi non-Dayak terdiri dari 28% etnis Tionghoa dan 54% Melayu. Ada juga sejumlah besar orang Indonesia di Tawau, Sabah selatan, serta komunitas Tionghoa yang besar dan aktif secara ekonomi di Sarawak. Meskipun jumlah penduduk Dayak banyak, mereka tersebar di seluruh wilayah di daerah pelosok dan tidak memiliki organisasi politik yang terstruktur. Sarawak terbagi menjadi lima wilayah administratif, sementara Sabah, yang ibu kotanya terletak di Jesselton (sekarang Kota Kinabalu) di pesisir utara, terbagi menjadi beberapa residensi; residensi pedalaman dan Tawau berbatasan dengan Indonesia.

Selain di bagian ujung perbatasan, batas wilayah koloni Inggris dengan Indonesia umumnya mengikuti perbukitan di sepanjang perbatasannya, dengan ketinggian mencapai hampir 2.500 meter di Divisi Kelima. Di Divisi Pertama, terdapat beberapa jalan, termasuk satu jalan utama dari Kuching menuju Brunei dan kemudian terhubung ke Sandakan di pesisir timur Sabah. Tidak ada jalan di Divisi Keempat dan Kelima atau di Residensi Pedalaman, dan di Divisi Ketiga hanya terdapat jalan pesisir yang berjarak sekitar 150 mil dari perbatasan. Pemetaan wilayah ini umumnya kurang memadai, dengan peta Inggris hanya menampilkan detail topografi yang minim. Peta Indonesia bahkan lebih buruk; hanya "selembar kertas hitam putih menampakkan seluruh Kalimantan yang diambil dari buku pelajaran sekolah" pada tahun 1964.^[20]

Kalimantan dibagi menjadi empat provinsi, dengan Kalimantan Timur dan Kalimantan Barat berbatasan dengan Borneo Inggris. Ibu kota Kalimantan Barat adalah Pontianak di pantai barat, berjarak sekitar 160 km dari perbatasan, dan ibu kota Kalimantan Timur adalah Samarinda di pantai selatan, sekitar 350 km dari perbatasan. Tidak ada jalan di sepanjang wilayah perbatasan kecuali jalan-jalan setapak di bagian barat, dan tidak ada jalan yang menghubungkan Kalimantan Timur dan Kalimantan Barat.^{[butuh rujukan]}

Kurangnya infrastruktur jalan dan jalur kendaraan yang layak di kedua sisi perbatasan membuat pergerakan pasukan terbatas pada jalur jalan setapak yang umumnya tidak tertera di peta, serta pengangkutan pasukan melalui jalur air dan udara. Ada banyak sungai besar di kedua sisi perbatasan yang menjadi sarana utama pergerakan. Terdapat pula sejumlah padang rumput kecil yang cocok untuk digunakan sebagai tempat pendaratan pesawat ringan dan helikopter yang memasok suplai melalui udara.^{[butuh rujukan]}

Garis khatulistiwa melintas kira-kira 160 kilometer di sebelah selatan Kuching, dan sebagian besar wilayah utara Kalimantan menerima curah hujan lebih dari 3.000 mm (120 inci) setiap tahunnya. Secara alami, Kalimantan tertutup oleh hutan hujan tropis yang melingkupi daerah pegunungan dan dilalui oleh banyak sungai dengan tebing-tebing curam serta puncak bukit yang lebarnya hanya beberapa meter. Curah hujan yang tinggi menciptakan sungai-sungai besar, yang menjadi jalur transportasi utama sekaligus penghalang taktis yang kuat. Hutan bakau lebat yang menutupi dataran pasang surut yang luas, dengan banyak sungai kecil, adalah ciri khas pada kebanyakan wilayah pesisir, termasuk Brunei dan kedua ujung perbatasan. Ada juga daerah pertanian di lembah-lembah dan sekitar desa-desa, serta hutan rimba yang lebat di sekitar pemukiman suku-suku pedalaman.^{[butuh rujukan]}

Pada tahun 1946, Raja Sarawak, Charles Vyner Brooke, menyerahkan negara bagian tersebut kepada Kerajaan Inggris dengan keyakinan bahwa hal tersebut akan menjadi keputusan terbaik bagi rakyat Sarawak setelah berakhirnya Perang Dunia II.^[21] Sarawak kemudian menjadi koloni Kerajaan Inggris, yang dikelola oleh Kantor Kolonial di London, yang kemudian mengirimkan seorang gubernur untuk membawahi Sarawak. Gerakan anti-penyatuan yang didominasi oleh suku Melayu, yang menolak pengambilalihan Sarawak oleh Inggris, diduga menjadi cikal bakal lahirnya gerakan anti-Malaysia di Sarawak, yang kemudian dipimpin oleh Ahmad Zaidi Adruce.^{[butuh rujukan]}

Menurut Vernon L. Porritt dan Hong-Kah Fong, sejumlah gerakan sayap kiri dan komunis sudah ada di kalangan penduduk Tionghoa di perkotaan Sarawak sejak tahun 1930-an dan 1940-an. Beberapa kelompok komunis paling awal di Sabah di antaranya adalah Liga Anti-Fasis, yang kemudian berubah menjadi Tentara Pembebasan Ras, dan Liga Anti-Jepang Borneo, yang terdiri dari Liga Anti-Jepang Kalimantan Utara dan Liga Anti-Jepang Kalimantan Barat. Organisasi tersebut dipimpin oleh Wu Chan, yang dideportasi oleh pemerintah kolonial Sarawak ke Tiongkok pada tahun 1952. Kelompok komunis lainnya di Sarawak termasuk Asosiasi Pemuda Tionghoa Luar Negeri yang dibentuk pada tahun 1946, dan Liga Pembebasan beserta sayap pemudanya, Asosiasi Pemuda Maju, yang muncul pada tahun 1950-an. Organisasi-organisasi tersebut kemudian menjadi inti dari dua gerakan gerilya Komunis: Tentara Rakyat Kalimantan Utara anti-Malaysia (PARAKU) dan Gerilyawan Rakyat Sarawak (PGRS). Berbagai kelompok komunis ini oleh media Barat disebut sebagai Organisasi Komunis Klandestin (CCO) atau Organisasi Komunis Sarawak (SCO).^[22]

SCO didominasi oleh etnis Tionghoa, tetapi juga mendapat dukungan dari suku Dayak. Namun, SCO hanya mendapat sedikit dukungan dari suku Melayu dan suku asli lainnya di Sarawak. Pada puncaknya, SCO memiliki sekitar 24.000 anggota.^[5] Sepanjang tahun 1940-an dan 1950-an, pengaruh Maoisme menyebar di sekolah-sekolah berbahasa Tionghoa di Sarawak. Setelah Perang Dunia II, pengaruh Komunis juga merambah gerakan buruh dan Partai Persatuan Rakyat Sarawak (SUPP), yang mayoritas anggotanya berasal dari etnis Tionghoa dan merupakan partai politik pertama di negara bagian tersebut, yang didirikan pada bulan Juni 1959. Pemberontakan Sarawak dimulai setelah Pemberontakan Brunei pada tahun 1962, dan SCO berperang bersama para pemberontak Brunei dan pasukan Indonesia pada masa Konfrontasi Indonesia–Malaysia.^[22][23]

SCO dan para pemberontak Brunei mendukung dan menyebarkan gagasan penyatuan seluruh wilayah Borneo Inggris untuk membentuk negara Kalimantan Utara yang merdeka dan berhaluan kiri. Ide ini awalnya diusulkan oleh A. M. Azahari, pemimpin Partai Rakyat Brunei, yang telah menjalin hubungan dengan gerakan nasionalis Sukarno, bersama dengan Ahmad Zaidi, di Jawa pada tahun 1940-an. Meskipun demikian, Partai Rakyat Brunei mendukung bergabungnya Brunei dengan Malaysia dengan syarat penyatuan tiga wilayah Borneo utara yang dipimpin oleh sultan tersendiri, sehingga menolak adanya dominasi oleh Malaya, Singapura, penguasa Melayu, atau pedagang Tionghoa.^[4]

Rencana pembentukan Negara Kesatuan Borneo Utara dipandang sebagai alternatif penyatuan Malaya oleh oposisi lokal. Penolakan penguasa lokal di seluruh wilayah Borneo umumnya didasarkan pada perbedaan ekonomi, politik, sejarah, dan budaya antar negari-negari Borneo dan Malaya, serta penolakan untuk tunduk di bawah dominasi politik semenanjung. Baik Azahari maupun Zaidi melarikan diri ke Indonesia semasa Konfrontasi. Meskipun Zaidi kemudian kembali ke Sarawak dan status politiknya dipulihkan, Azahari tetap berada di Indonesia hingga meninggal pada tanggal 3 September 2002.

Setelah Pemberontakan Brunei ditumpas, sisa-sisa Tentara Nasional Kalimantan Utara (TNKU) melarikan diri ke Indonesia. Lantaran takut akan pembalasan dari Inggris, ribuan komunis Tionghoa juga melarikan diri dari Sarawak. Rekan-rekan mereka yang tinggal di Sarawak dikenal sebagai CCO oleh Inggris, tetapi disebut sebagai PGRS—Pasukan Gerilya Rakyat Sarawak—oleh Indonesia. Soebandrio bertemu dengan pemimpin kelompok tersebut di Bogor, dan A.H Nasution mengirim tiga pelatih dari Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) Batalyon 2 ke Nangabadan, dekat perbatasan Sarawak, di mana terdapat kira-kira 300 peserta pelatihan. Beberapa bulan kemudian, dua letnan juga diutus ke sana.^[1]

PGRS beranggotakan kurang lebih 800 orang, yang bermarkas di Batu Hitam, Kalimantan Barat, dengan 120 penasihat berasal dari dari badan intelijen Indonesia dan sejumlah kecil kader yang dilatih di Tiongkok. Partai Komunis Indonesia juga terlibat, yang dipimpin oleh seorang revolusioner beretnis Arab bernama Sofyan. PGRS melancarkan sejumlah serangan ke Sarawak, tetapi lebih banyak waktu yang dihabiskan untuk membangun basis pendukung di Sarawak. Sementera itu, militer Indonesia tidak mendukung PGRS yang berhaluan kiri.^[2]

Motif Sukarno untuk memulai konfrontasi masih menjadi bahan perdebatan. Mantan Menteri Luar Negeri Indonesia, Ide Anak Agung Gde Agung, berpendapat bahwa Sukarno sengaja meredam keberatan Indonesia atas pembentukan negara Malaysia saat Indonesia tengah fokus mengklaim Irian Barat. Setelah kemenangan diplomatik Indonesia dalam sengketa Irian Barat, Sukarno terdorong untuk memperluas dominasi Indonesia terhadap negara-negara tetangga yang lebih lemah. Sebaliknya, Sukarno diduga terpaksa mengalihkan perhatian terhadap konflik luar negeri baru karena adanya tekanan dari PKI dan akibat ketidakstabilan politik di Indonesia.

Pada akhir 1950-an, Sukarno berpendapat bahwa Malaysia adalah negara boneka Inggris, sebuah eksperimen neokolonial, dan perluasan Malaysia akan meningkatkan kontrol Inggris di wilayah tersebut, yang berdampak pada keamanan nasional Indonesia. Sukarno dengan tegas menentang rencana dekolonisasi Inggris, termasuk pembentukan Federasi Malaysia, yang menyatukan Semenanjung Malaya dan Borneo Inggris. Sukarno menuduh Malaysia sebagai negara boneka Inggris yang bertujuan untuk memberlakukan imperialisme dan kolonialisme baru di Asia Tenggara, serta membatasi ambisi Indonesia untuk menjadi kekuatan regional di kawasan tersebut.^[24]

Ada pula yang berpendapat bahwa kampanye Sukarno menentang pembentukan Malaysia dilatarbelakangi oleh keinginannya untuk memisahkan Malaya, Kalimantan Utara, Sarawak, dan Singapura sebagai satu negara tersendiri, sehingga tidak mau tunduk terhadap usulan Inggris untuk melakukan dekolonisasi dengan menyebutnya sebagai neokolonialisme yang dilakukan oleh negara Inggris sebagai salah satu cara untuk melebarkan hegemoni Inggris di kawasan tersebut.^[25][26] Di saat bersamaan, Filipina mengklaim Borneo Utara bagian timur sebagai miliknya, dengan alasan bahwa koloni Borneo tersebut memiliki hubungan sejarah dengan Filipina melalui Kesultanan Sulu.

Meskipun Sukarno tidak secara langsung mengklaim wilayah Borneo bagian utara untuk digabungkan ke dalam Kalimantan Indonesia, ia melihat pembentukan Malaysia sebagai hambatan bagi Maphilindo, sebuah gagasan persatuan iredentis nonpolitis yang mencakup Malaya, Filipina, dan Indonesia. Presiden Filipina, Diosdado Macapagal, awalnya tidak menentang gagasan ini dan bahkan memprakarsai Persetujuan Manila. Meskipun tidak terlibat dalam pertikaian tersebut, Filipina menunda pengakuannya atas Malaysia sebagai penerus negara Malaya. Akibatnya, Malaysia memutuskan hubungan diplomatik dengan Filipina.

Indonesia bersikukuh bahwa pembentukan Malaysia memungkinkan Inggris untuk mempertahankan hak istimewa terkait penggunaan pangkalan militernya di Singapura, dan dengan demikian makin memperkuat pertahanan Inggris di Asia Tenggara, yang dianggap sebagai ancaman tersirat. Subandrio, Menteri Luar Negeri Indonesia, menjelaskan kepada Duta Besar Amerika Serikat, Howard P. Jones, bahwa kebijakan konfrontasi ini berkaitan dengan Malaya, bukan Malaysia, dan merupakan reaksi Indonesia atas kebijakan anti-Djakarta dan dukungan terhadap aksi pemberontakan yang diterapkan oleh Malaya dan Inggris pada tahun 1958.^[18]

Pada bulan April 1963, penyusupan mata-mata dan serangan pertama yang tercatat terjadi di Borneo. Pasukan penyusup yang berlatih di Nangabadan dibagi dua dan dipersiapkan untuk melancarkan operasi pertama. Pada tanggal 12 April 1963, sekelompok penyusup menyerang dan merebut kantor polisi di Tebedu di Divisi 1 Sarawak, kira-kira 64 km dari Kuching dan 3,2 km dari perbatasan dengan Kalimantan.^[27] Kelompok lainnya menyerang desa Gumbang, di sebelah barat daya Kuching, pada akhir bulan yang sama. Hanya sekitar separuh dari mereka yang kembali. Dari perspektif militer, konfrontasi antara Indonesia dan Malaysia bisa dikatakan dimulai setelah penyerangan Tebedu.^[28]

Sebelum pernyataan resmi konfrontasi Indonesia terhadap Malaysia pada 20 Januari 1963, Komisi Cobbold telah melaporkan mengenai kelayakan pembentukan negara Malaysia pada tahun 1962, dengan menyimpulkan bahwa adanya dukungan yang cukup besar di koloni Borneo untuk pembentukan negara Malaysia. Namun, lantaran meningkatnya penentangan dari Indonesia dan Filipina terhadap rencana pembentukan Malaysia, fase negosiasi baru diusulkan untuk mendengarkan keberatan dari kedua negara tersebut. Untuk menyelesaikan sengketa ini, negara-negara calon anggota Federasi Malaysia bertemu dengan perwakilan Indonesia dan Filipina di Manila pada tanggal 30 Juli 1963. Beberapa hari sebelum pertemuan tersebut, pada 27 Juli 1963, Sukarno melanjutkan retorikanya yang semakin memanas, menyatakan bahwa ia akan "mengganyang Malaysia." Dalam pertemuan di Manila, Filipina dan Indonesia secara resmi sepakat untuk menerima pembentukan Malaysia jika mayoritas penduduk Borneo Utara dan Sarawak mendukungnya dalam referendum yang diselenggarakan oleh PBB.^[29]

Sebelum pertemuan di Manila, Pemerintah Malaya telah menetapkan tanggal 31 Agustus sebagai tanggal pembentukan negara Malaysia (kelak diperingati sebagai hari kemerdekaan Malaya). Namun, dalam negosiasi di Manila, pemerintah Malaya dibujuk oleh pemerintah Indonesia dan Filipina untuk menunda peresmian Malaysia hingga tanggal 15 September 1963, ketika putusan PBB telah dikeluarkan. Setelah perundingan di Manila, Perdana Menteri Malaya, Tunku Abdul Rahman, mengumumkan bahwa negara Malaysia akan terbentuk pada 16 September 1963, terlepas dari hasil putusan PBB.^[30]

Borneo Utara dan Sarawak, yang memperkirakan bahwa putusan PBB akan mendukung pembentukan Malaysia, memproklamirkan diri sebagai bagian dari Malaysia pada tanggal 31 Agustus 1963, sebelum putusan PBB dipublikasikan. Pada 14 September, putusan PBB diterbitkan, yang memberikan dukungan bagi pembentukan negara Malaysia. Malaysia secara resmi berdiri pada 16 September 1963. Indonesia langsung bereaksi dengan mengusir Duta Besar Malaysia dari Jakarta. Dua hari kemudian, perusuh yang diorganisir oleh PKI membakar Kedutaan Besar Inggris di Jakarta. Ratusan perusuh merusak Kedutaan Besar dan rumah diplomat Singapura di Jakarta . Di Malaysia, mata-mata Indonesia ditangkap, dan massa menyerbu Kedutaan Besar Indonesia di Kuala Lumpur.^[31]

Sewaktu perundingan perdamaian masih berlangsung alot, Indonesia tetap melanjutkan kampanye penyusupannya. Pada tanggal 14 Agustus, seorang kepala desa melaporkan adanya penyusupan di Divisi ke-3, dan tindak lanjut menunjukkan bahwa jumlah penyusup kira-kira 50 orang. Serangkaian kontak terjadi saat pasukan 2/6 Gurkha melakukan patroli dan penyergapan; setelah sebulan, 15 orang tewas dan tiga tertangkap. Gurkha melaporkan bahwa para penyusup terlatih dengan baik dan dipimpin secara profesional, tetapi penguasaan senjata mereka buruk. Para tahanan melaporkan adanya 300 penyusup dalam waktu seminggu dan 600 dalam dua minggu.^[32] Pertempuran Long Jawai merupakan penyusupan besar pertama di pusat Divisi ke-3, yang dipimpin oleh Mayor RPKAD Mulyono Soerjowardojo,^[33] yang dikirim ke Nangabadan pada awal tahun. Proklamasi kemerdekaan Malaysia pada September 1963 menandai dikerahkannya satuan-satuan Angkatan Bersenjata Malaysia ke Borneo (sekarang Malaysia Timur).^[34]

Serangan oleh angkatan bersenjata Indonesia terhadap pasukan Malaysia tidak meningkatkan kredibilitas "antiimperialis" Sukarno. Indonesia juga mengerahkan Azahari, yang mengklaim bahwa angkatan bersenjata Indonesia tidak terlibat dalam operasi aktif. Sukarno kemudian meluncurkan usulan perdamaian, dan pada akhir Januari, ia menyatakan bahwa Indonesia siap untuk gencatan senjata. Negosiasi kemudian dimulai di Bangkok, tetapi pelanggaran perbatasan terus berlanjut, dan negosiasi tersebut gagal. Negosiasi dilanjutkan pada pertengahan 1964 di Tokyo dan juga berakhir dengan kegagalan.^[35]

Sementara itu, angkatan bersenjata Indonesia yang dipimpin oleh Jenderal Ahmad Yani makin khawatir dengan memburuknya situasi dalam negeri di Indonesia dan mulai diam-diam menghubungi pemerintah Malaysia, sembari berusaha mengurangi konfrontasi hingga ke tingkat minimal.^[36] Langkah tersebut diambil untuk melindungi angkatan bersenjata yang kewalahan usai melancarkan Operasi Trikora di Irian Barat, sekaligus mempertahankan posisi politiknya di dalam negeri, terutama terhadap Partai Komunis Indonesia, yang merupakan pendukung fanatik konfrontasi.^[37]

Selagi perseteruan berkecamuk, pada tanggal 3 Mei 1964, Sukarno mengesahkan Dwi Komando Rakyat (Dwikora). Dwikora berisi seruan Sukarno agar rakyat membela Revolusi Indonesia dan mendukung revolusi di Malaya, Singapura, Sarawak, dan Sabah untuk menggagalkan pembentukan Federasi Malaysia. Bertepatan dengan pengumuman Sukarno tentang 'hidup penuh bahaya' sewaktu perayaan Hari Kemerdekaan Indonesia, angkatan bersenjata Indonesia memulai kampanye penyusupan udara dan laut ke Semenanjung Malaysia pada tanggal 17 Agustus 1964.^[38] Pada 19 Agustus 1964, sekelompok pasukan laut, yang terdiri dari Pasukan Gerak Cepat, KKO, dan selusin komunis Malaysia, menyeberangi Selat Malaka dengan perahu, berlabuh di Pontian dalam tiga rombongan pada malam hari. Namun, mereka disergap oleh tentara Persemakmuran, dan hampir semua penyusup tertangkap.^[39] Pada 2 September, tiga pesawat Lockheed C-130 Hercules berangkat dari Jakarta menuju Semenanjung Malaysia, terbang rendah untuk menghindari deteksi radar. Malam berikutnya, dua dari C-130 berhasil mencapai tujuannya, dan pasukan PGT melompat dan mendarat di dekat Labis di Johor. C-130 yang tersisa jatuh ke Selat Malaka saat berupaya menghindari penyergapan oleh RAF Javelin FAW 9 yang diluncurkan dari RAF Tengah. Akibat badai petir, penerjunan 96 pasukan payung tidak tentu arah, sehingga mereka mendarat di dekat pangkalan militer 1/10 Gurkhas, yang bergabung dengan Batalyon Pertama, Resimen Persemakmuran, yang ditempatkan di sekitar Malaka.^{[38][40][41][42]}

Perluasan konflik Indonesia ke Semenanjung Malaysia memicu Krisis Selat Sunda, dengan berlayarnya kapal induk Inggris HMS Victorious dan dua kapal perusak melintasi Selat Sunda. Angkatan bersenjata Persemakmuran bersiap untuk melancarkan serangan udara terhadap wilayah yang menjadi basis penyusup Indonesia di Sumatra jika aksi penyusupan Indonesia masih terus berlanjut. Terjadi ketegangan selama tiga minggu sebelum krisis tersebut diselesaikan secara damai.^[43]

Pada bulan-bulan terakhir tahun 1964, konflik kedua negara mulai mencapai kebuntuan. Angkatan bersenjata Persemakmuran berhasil mencegah upaya penyusupan Indonesia ke Borneo dan Semenanjung Malaysia untuk sementara waktu. Namun, situasi kembali berubah pada bulan Desember 1964 ketika intelijen Persemakmuran mulai melaporkan adanya aksi penyusupan besar-besaran oleh Indonesia melalui wilayah Kalimantan di seberang Kuching, yang berpotensi memperuncing pertikaian. Dua batalyon Inggris kemudian dikerahkan ke Borneo.^[44][45] Sementara itu, karena operasi pendaratan di Malaysia dan aksi penyusupan pasukan Indonesia yang berkelanjutan, Australia dan Selandia Baru juga mulai mengerahkan pasukan tempur ke Borneo pada awal tahun 1965.^[46]

Operasi Claret adalah serangkaian serangan lintas batas yang dilakukan secara rahasia oleh pasukan Persemakmuran Inggris di Borneo dari bulan Juni 1964 hingga awal 1966. Serangan ini dilakukan oleh pasukan khusus—termasuk Special Air Service Inggris , Special Air Service Regiment Australia, dan New Zealand Special Air Service—serta infanteri reguler. Pada fase awal konflik, tentara Persemakmuran Inggris dan Malaysia hanya berupaya mengontrol perbatasan dan melindungi pusat-pusat penduduk dari serangan Indonesia. Namun, pada tahun 1965, mereka memutuskan untuk mengambil tindakan lebih agresif, melintasi perbatasan untuk memperoleh informasi dan memburu para penyusup Indonesia yang mundur hingga ke perbatasan.^[28] Pertama kali disetujui pada bulan Mei 1965, kemudian diekspansi sehingga termasuk penyerangan lintas batas pada bulan Juli.^[47]

Operasi ini, yang disepakati pertama kali pada bulan Mei 1965, kemudian diperluas dengan melancarkan penyergapan lintas batas pada bulan Juli. Patroli rahasia ini dilakukan oleh tim pengintaian kecil yang melintasi perbatasan dari negara bagian Sarawak atau Sabah di Malaysia ke Kalimantan di Indonesia untuk menyergap tentara Indonesia yang akan memasuki Malaysia Timur. Awalnya, wilayah patroli dibatasi hingga 2.700 m, tetapi kemudian diperluas hingga 5.500 m, dan kemudian diperluas lagi hingga 9.100 m setelah pecahnya Pertempuran Plaman Mapu pada bulan April 1965. Tentara konvensional diarahkan untuk menyergap tentara Indonesia, baik saat mereka melintasi perbatasan maupun saat masih berada di wilayah Kalimantan.^[47][48] Operasi Claret dilancarkan oleh tentara Persemakmuran Inggris, yang menyebabkan jatuhnya banyak korban di pihak Indonesia dan membuatnya tetap dalam posisi bertahan di sisi perbatasan. Operasi ini baru diumumkan kepada publik oleh Inggris pada tahun 1974, sedangkan pemerintah Australia tidak mengakui keterlibatannya secara resmi hingga tahun 1996.^[49][50]

Menjelang akhir 1965, konflik antar kedua negara mengalami kebuntuan. Presiden baru Filipina, Ferdinand Marcos, berupaya meredakan ketegangan, dan berbeda dengan pendahulunya, ia tidak menggalakkan klaim Filipina atas Sabah Utara secara gigih. Untuk menengahi pertikaian, Filipina berencana untuk mengakui Federasi Malaysia. Pada tanggal 5 Februari 1965, Filipina memberitahu Indonesia mengenai normalisasi hubungannya dengan Kuala Lumpur. Sukarno menentang dan mengecam tindakan Marcos dalam pidatonya, yang mengejutkan Manila. Pidato Sukarno memicu gelombang baru masyarakat yang mendukung konfrontasi, dan organisasi pemuda serta keagamaan mengecam rencana Marcos.^[51]

"Jika Marcos ingin membantu Malaysia, itu urusannya, tetapi kami akan terus menghancurkan Malaysia, bahkan jika kami harus bertempur sendirian."

— Sukarno, menanggapi tindakan Marcos, ^[51]

Pada malam tanggal 30 September 1965, terjadi percobaan kudeta di Jakarta. Enam pemimpin militer senior Indonesia dibunuh, sementara Jenderal Nasution berhasil melarikan diri dari para penculiknya. Di tengah kebingungan, Sukarno setuju untuk membiarkan Suharto mengambil alih komando darurat dan mengendalikan Jakarta serta angkatan bersenjata yang ditempatkan di sana. Dalang upaya kudeta tersebut dituduhkan kepada Partai Komunis Indonesia (PKI), dan dalam beberapa minggu dan bulan berikutnya, upaya penangkapan dan pembunuhan terhadap anggota dan simpatisan PKI terjadi di Jakarta dan seluruh penjuru Indonesia. Dengan makin kuatnya citra Suharto, skala dan intensitas upaya penyusupan Indonesia ke Borneo mulai mereda. Rentetan peristiwa yang dipicu oleh kegagalan kudeta tersebut menyebabkan menguatnya kekuasaan Suharto secara bertahap dan makin terpinggirnya Sukarno. Pada saat yang sama, pembersihan antikomunis menyebar di seluruh Indonesia. Penguatan kekuasaan Suharto setelah peristiwa 30 September memungkinkannya untuk membentuk pemerintahan baru dan pada bulan Maret 1967, Suharto membentuk kabinet baru.^[52]

Pada tanggal 28 Mei 1966, dalam konferensi di Bangkok, pemerintah Malaysia dan Indonesia menyatakan bahwa konflik telah berakhir. Namun, kewaspadaan di Borneo belum bisa dilonggarkan. Berkat upaya Suharto, perjanjian damai ditandatangani pada tanggal 11 Agustus dan diratifikasi dua hari kemudian.^[7] Pada awal pemerintahan Suharto, Operasi Claret terus berlanjut, dan pada bulan Maret 1966, batalion Gurkha terlibat dalam sejumlah pertempuran sengit di Kalimantan.Tindakan konfrontasi kecil oleh tentara Indonesia terus berlanjut di daerah perbatasan.^[53]

Pada awal 1966, dengan makin stabilnya perpolitikan di Indonesia, RPKAD bekerja sama dengan PGRS membentuk pasukan gerilya di Sabah dan Sarawak. Pasukan di Sabah tidak pernah melintasi perbatasan, tetapi dua kelompok pasukan memasuki Sarawak pada bulan Februari dan Mei dan mendapatkan dukungan dari simpatisan lokal. Kelompok pertama berhasil bertahan hingga bulan Juni dan dievakuasi setelah Konfrontasi berakhir. Para penyintas dari kelompok kedua juga berhasil kembali ke Indonesia.^[54]

Daftar pertempuran

• Pertempuran Long Jawai, 28 September 1963. Long Jawai. Kalimantan. Kemenangan Indonesia, kemenangan inggris (serangan balik)
• Pendaratan di Pontian. 17 Agustus 1964, Distrik Pontian, Malaysia. Kemenangan Malaysia
• Krisis Selat Sunda. 27 Agustus – 10 September 1964. Selat Sunda, Indonesia. Keberhasilan dua belah pihak dalam Menghindari Konflik
• Pendaratan di Labis, September–Oktober 1964. Labis, Johor, Malaysia. Kemenangan Persemakmuran
• Pendaratan di Sungai Kesang. 29 Oktober 1964. Johor, Malaysia. Kemenangan Britania Raya
• Aksi 13 Desember 1964. 13 Desember 1964. Selat Singapura. Australia menang
• Pertempuran Plaman Mapu. 27 April 1965, Plaman Mapu, Sarawak, Borneo. Malaysia. Kemenangan inggris
• Pertempuran Sungei Koemba. 27 Mei – 12 Juni 1965, Sungei Koemba, Kalimantan. Kemenangan Australia
• Pertempuran Kindau. 15 June 1965. Kindau, Kalimantan, Indonesian. Kemenangan Australia
• Pertempuran Babang, 12 July 1965. Babang, Kalimantan, Indonesian. Kemenangan Australia
• Pertempuran Bau, 21 November 1965. Bau, Sarawak. Kemenangan taktis Britania Raya

Menjelang akhir 1965, Jenderal Soeharto memegang kekuasaan di Indonesia setelah berlangsungnya Gerakan 30 September. Oleh karena konflik domestik ini, keinginan Indonesia untuk meneruskan perang dengan Malaysia menjadi berkurang dan peperangan pun mereda.

Pada 28 Mei 1966, dalam sebuah perundingan di Bangkok, Malaysia dan Indonesia mengumumkan perdamaian setelah Soeharto mengutus Adam Malik sebagai wakil untuk berunding dengan Tunku Abdul Rahman. Aksi kekerasan berakhir pada bulan Juni, dan perjanjian perdamaian ditandatangani pada 11 Agustus dan diresmikan dua hari kemudian. Indonesia secara resmi mengakhiri konfrantasi terhadap Malaysia pada tahun 1967.

• Sejarah Indonesia
• Sejarah Malaysia
• Pengeboman MacDonald House
• Komando Tertinggi Operasi Ekonomi

• Van der Bijl, Nicholas (2007). Confrontation: the war with Indonesia, 1962-1966. Pen & Sword Military. ISBN 9781844155958. OL 22546200M. 

• Karya yang berkaitan dengan Resolusi Majelis Umum PBB 1514 mengenai Deklarasi tentang Pemberian Kemerdekaan kepada Masyarakat dan Negara terjajah di Wikisource
• (Inggris) Easter, D. Britain and the Confrontation with Indonesia, 1961-1965, (2004, London) I.B.Tauris, ISBN 1-85043-623-1
• (Inggris) Jones, M. Conflict and Confrontation in South East Asia, 1961-1965: Britain, the United States and the Creation of Malaysia. (2002, Cambridge) Cambridge University Press. ISBN 0-521-80111-7
• (Inggris) Mackie, J.A.C. Konfrontasia: the Indonesia-Malaysia Dispute 1963-1966'. (1974, Kuala Lumpur) Oxford University Press.
• (Inggris) Subritzky, J. Confronting Soekarno: British, American, Australian and New Zealand Diplomacy in the Malaysian-Indonesian Confrontation, 1961-1965, (2000, London) Palgrave. ISBN 0-312-22784-1

• Atlas - Internal and external tensions: land reform and confrontation with Malaysia Diarsipkan 2012-11-13 di Wayback Machine.
• (Inggris) Konfrontasi Indonesia di National Army Museum