Gereja ini, mulai dibangun pada tahun 1440 di sisi barat kastil, ditugaskan oleh arsitek Peter von Pusica oleh Frederick III, Kaisar Romawi Suci. Pada akhir pekerjaan gereja ini didedikasikan untuk St. Mary dan ditahbiskan pada tahun 1460. Pada tahun 1479 Ordo Ksatria St. George mendirikan markas besar mereka di Wiener Neustadt, dan pelindung gereja menjadi Santo George. Setelah penghapusan ordo kesatria ini pada tahun 1600, gereja pertama-tama dipercayakan kepada Cistercians dan kemudian Piarists. Pada tahun 1608 dan 1616 dua kebakaran merusak kastil dan gereja, yang diperbaiki atas inisiatif Maximilian III.[3]
Dengan berdirinya Akademi Militer Theresian pada tanggal 14 Desember 1751, gereja terkait erat dengan nasib kastil sebagai markas sekolah militer. Kastil dan gereja hancur total akibat pemboman selama Perang Dunia Kedua pada 12 Maret 1945, namun rekonstruksi dimulai pada tahun berikutnya, dan baru selesai pada tahun 1958.[4]
Sejak tahun 1963 gereja ini telah menjadi rumah bagi Ordinariat Ordinariat Militer Austria, yang karenanya statusnya dinaikkan menjadi katedral. Pada tanggal 13 Desember 1967, bangunan ini juga menjadi basilika minor.
