Gereja Katolik di Sudan Selatan adalah bagian dari Gereja Katolik di seluruh dunia (khususnya Gereja Latin), di bawah kepemimpinan spiritual Paus di Roma. Gereja Katolik di Sudan Selatan terdiri dari satu provinsi gerejawi dengan satu keuskupan agung dan enam keuskupan suffragan.[1] Total ada 31 uskup di Sudan Selatan untuk saat ini.[2] Para uskup Sudan Selatan dan Sudan saat ini adalah anggota dari satu konferensi uskup tunggal, yang disebut sebagai Konferensi Waligereja Sudan.[3]
Gereja Katolik adalah gereja terbesar di Sudan Selatan.[4] Menurut World Christian Encyclopedia, Gereja Katolik adalah satu-satunya badan Kristen terbesar di Sudan sejak 1995, dengan 2,7 juta umat Katolik terutama terkonsentrasi di Sudan Selatan.[5] Saat ini, 37,2% penduduk beragama Katolik, dengan sekitar 6,2 juta umat Katolik dari total populasi 16,7 juta.[6]
Santo pelindung adalah Josephine Bakhita.[7] Bakhita lahir di Darfur pada tahun 1869 dan diculik pada usia 6 tahun oleh para budak. Dia dijual tiga kali dan dipukuli secara teratur. Dia ditebus oleh Callisto Legnani, seorang konsul Italia, masuk Kristen di sekolah Venesia dan menjadi seorang biarawati. Dia dikanonisasi pada bulan Oktober 2000 setelah dibeatifikasi pada tahun 1992. Namanya menjadi terkenal di Sudan selatan selama Perang Saudara Sudan Kedua karena penindasan agama Kristen oleh pemerintah Sudan dan penggunaan perbudakan oleh pemerintah tersebut. Pengaruh Bakhita diakui melalui stasiun radio Katolik yang berbasis di Juba bernama Radio Bakhita.[8]