Czech Airlines melayani destinasi sebagai berikut (as of Juli 2010): ^[1]

• Mesir
  • Kairo – Bandar Udara Internasional Kairo

• Armenia
  • Yerevan – Bandar Udara Internasional Zvartnots
• Siprus
  • Larnaca – Bandar Udara Larnaca
• Georgia
  • Tbilisi – Bandar Udara Internasional Tbilisi
• Israel
  • Tel Aviv – Bandar Udara Internasional Ben Gurion
• Kazakhstan
  • Almaty – Bandar Udara Internasional Almaty
  • Astana – Bandar Udara Internasional Astana [kembali 2 November]
• Lebanon
  • Beirut – Bandar Udara Internasional Rafic Hariri
• Suriah
  • Damaskus – Bandar Udara Internasional Damaskus
• Uzbekistan
  • Tashkent – Bandar Udara Yuzhniy

• Belarusia
  • Minsk – Bandar Udara Internasional Minsk
• Belgia
  • Brussels – Bandar Udara Brussels
• Bulgaria
  • Burgas – Bandar Udara Burgas [musiman]
  • Sofia – Bandar Udara Sofia
  • Plovdiv – Bandar Udara Plovdiv [musiman]
• Kroasia
  • Split – Bandar Udara Split [musiman]
  • Zagreb – Bandar Udara Zagreb
• Republik Ceko
  • Brno – Bandar Udara Brno-Tuřany
  • Karlovy Vary – Bandar Udara Karlovy Vary
  • Ostrava – Bandar Udara Leoš Janáček
  • Praha – Bandar Udara Praha Ruzyně Hub
• Denmark
  • Kopenhagen – Bandar Udara Kopenhagen
• Estonia
  • Tallinn – Bandar Udara Lennart Meri Tallinn
• Finlandia
  • Helsinki – Bandar Udara Helsinki-Vantaa
• Prancis
  • Marseille – Bandar Udara Marseille Provence [musiman]
  • Paris – Bandar Udara Internasional Charles de Gaulle
  • Strasbourg – Bandar Udara Strasbourg
• Jerman
  • Berlin – Bandar Udara Tegel
  • Cologne/Bonn – Bandar Udara Cologne Bonn [berakhir 30 Oktober]
  • Düsseldorf – Bandar Udara Internasional Düsseldorf
  • Frankfurt – Bandar Udara Frankfurt
  • Hamburg – Bandar Udara Hamburg
  • Hanover – Bandar Udara Hannover
  • Munich – Bandar Udara Munich [berakhir 30 Oktober]
  • Stuttgart – Bandar Udara Stuttgart
• Yunani
  • Athena – Bandar Udara Internasional Athena
  • Heraklion – Bandar Udara Internasional Heraklion, "Nikos Kazantzakis" [musiman]
  • Thessaloniki – Bandar Udara Thessaloniki, "Makedonia" [musiman]
• Hungaria
  • Budapest – Bandar Udara Ferihegy
• Irlandia
  • Dublin – Bandar Udara Dublin
• Italia
  • Bologna – Bandar Udara Bologna
  • Milan – Bandar Udara Malpensa
  • Roma – Bandar Udara Leonardo da Vinci
  • Venesia – Bandar Udara Venesia Marco Polo [musiman]
• Latvia
  • Riga – Bandar Udara Internasional Riga
• Lithuania
  • Vilnius – Bandar Udara Internasional Vilnius
• Makedonia
  • Skopje – Bandar Udara Skopje
• Belanda
  • Amsterdam – Bandar Udara Amsterdam Schiphol
• Norway
  • Oslo – Bandar Udara Oslo, Gardermoen
• Polandia
  • Krakow – Bandar Udara Internasional Yohanes Paulus II
  • Warsawa – Bandar Udara Warsawa Frédéric Chopin
• Rumania
  • Bucharest - Bandar Udara Henri Coanda
• Rusia
  • Moskow – Bandar Udara Internasional Sheremetyevo
  • Rostov-on-Don – Bandar Udara Rostov-on-Don
  • Saint Petersburg – Bandar Udara Pulkovo
  • Samara – Bandar Udara Samara Kurumoch
  • Yekaterinburg – Bandar Udara Internasional Koltsovo
• Serbia
  • Beograd – Bandar Udara Beograd Nikola Tesla
• Slowakia
  • Bratislava – Bandar Udara M. R. Štefánik
  • Košice – Bandar Udara Internasional Košice
  • Žilina – Bandar Udara Žilina
• Slovenia
  • Ljubljana – Bandar Udara Ljubljana Jože Pučnik
• Spanyol
  • Barcelona – Bandar Udara Barcelona El Prat
  • Madrid – Bandar Udara Barajas
• Swedia
  • Stockholm – Bandar Udara Stockholm-Arlanda
• Swiss
  • Zürich – Bandar Udara Zürich
• Ukraina
  • Kiev – Bandar Udara Internasional Boryspil
  • Odessa – Bandar Udara Odessa
• Britania Raya
  • London – Bandar Udara Heathrow [berakhir 31 Oktober]
  • Manchester – Bandar Udara Manchester [berakhir 31 Oktober]