Berikut ini merupakan daftar bandar udara yang dilayani SkyEurope.

• Austria
  • Innsbruck
  • Vienna (Bandar Udara Schwechat) Hub
• Belanda
  • Amsterdam (Bandar Udara Schiphol)
• Belgia
  • Brussels (Bandar Udara Brussels)
• Britania Raya
  • London (Bandar Udara London Stansted)
  • Manchester (Bandar Udara Manchester)
• Bulgaria
  • Bourgas (Bandar Udara Bourgas)
  • Sofia (Bandar Udara Sofia)
  • Varna (Bandar Udara Varna)
• Denmark
  • Copenhagen (Bandar Udara Kastrup)
• Italia
  • Catania (Bandar Udara Catania-Fontanarossa)
  • Milan (Bandar Udara Orio al Serio)
  • Naples (Bandar Udara Capodichino)
  • Palermo (Bandar Udara Internasional Palermo)
  • Pisa (Bandar Udara Internasional Galileo Galilei)
  • Rimini (Bandar Udara Internasional Federico Fellini)
  • Rome (Bandar Udara Internasional Leonardo Da Vinci)
  • Turin (Bandar Udara Internasional Turin)
  • Venice (Bandar Udara Treviso)
• Kroasia
  • Dubrovnik (Bandar Udara Dubrovnik)
  • Split (Bandar Udara Kaštela/Resnik)
  • Zadar (Bandar Udara Zadar)
• Prancis
  • Nice (Bandar Udara Internasional Côte d'Azur)
  • Paris (Bandar Udara Orly)
• Republik Ceko
  • Prague (Bandar Udara Internasional Ruzyně)
• Rumania
  • Bukares (Bandar Udara Aurel Vlaicu) [dimulai pada 6 Agustus 2007]
  • Bukares (Bandar Udara Internasional Henri Coandă)
• Siprus
  • Larnaca (Bandar Udara Internasional Larnaca)
• Slowakia
  • Bratislava (Bandar Udara M. R. Štefánik) Hub, basis SkyEurope
  • Košice (Bandar Udara Internasional Košice)
  • Poprad (Bandar Udara Poprad-Tatry)
• Spanyol
  • Barcelona (Bandar Udara El Prat)
  • Malaga (Bandar Udara Malaga)
• Yunani
  • Athens (Bandar Udara Eleftherios Venizelos)
  • Thessaloniki (Bandar Udara Internasional Thessaloniki)

SkyEurope juga mengoperasikan penerbangan charter dan kadang-kadang penerbangan ad-hoc.