Cerro Porteño didrikan pada 1 Oktober 1912 oleh Susana Núñez dan sekelompok anak muda. Pada saat yang sama, situasi perpolitikan di Paraguay sedang tidak stabil karena persaingan dua partai besar Paraguay waktu itu, yaitu antara Partai Colorado dan Partai Liberal. Karena itu, tim menggunakan kedua warna dari kedua partai, Merah (Partai Colorado) dan Biru (Partai Liberal (Paraguay)|Partai Liberal]] untuk seragam tim dan Putih di celana sebagai lambang persatuan di Paraguay dan warna bendera negara.
Nama klub berasal dari sebuah pertempuran yang terjadi antar pasukan dari Buenos Aires, Argentina ("Porteños") dengan kesatuan Militer Paraguay di wilayah " Cerro Mbaé " dan akhirnya pertempuran ini dinamai Pertempuran Cerro Porteño yang terjadi pada 19 Januari 1811. Selama pertempuran itu, pasukan Paraguay (saat itu koloni Spanyol) ditinggal oleh Gubernur Jendral Spanyol tetapi terus dipimpin oleh pejabat setempat asal Paraguay sampai meraih kemenangan besar melawan tentara Porteños yang menjadi tonggak bersejarah dalam sejarah kemiliteran Paraguay.
Cerro Porteño dijuluki "el club del pueblo" (Tim Rakyat kecil) karena sebagian besar fans berasal dari golongan bawah, dibandingkan dengan fans dari klub saingan, Olimpia dan Libertad yang penggemarnya berasal dari golongan tengah atau atas. Maka dari itu, basis penggemar dari tim Cerro Porteño menempati urutan kesatu di Paraguay.
Selama bertahun-tahun, tim telah menjuarai sebagian besar kejuaraan nasional. Namun belum sama sekali pernah menjuarai kejuaraan internasional, catatan terbaik mereka adalah semi-finalis Piala Libertadores di musim 1973, 1978, 1993, 1998,1999 dan 2011.
Osvaldo Ardiles ditunjuk menjadi pelatih tim pada Mei 2008,[2] namun dipecat pada Agustus setelah serangkaian hasil buruk dan digantikan oleh Pedro Troglio.[3]
Nama panggilan
Klub dijuluki "Ciclón" (Topan). Nama tim berasal dari sebuah hasil pertandingan play-off kejuaraan nasional di musim 1918 melawan Club Nacional di mana Cerro Porteño berhasil membalikan keadaan dengan mencetak empat gol dalam 20 menit terakhir dan menjadi skor 4–2.
Stadion
Stadion kandang mereka adalah Estadio General Pablo Rojas, diambil dari nama Presiden tim yang memprakasai pembangunan Stadion ini. Stadion berkapasitas 32.000.
