Sesuai dengan Keputusan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 39/K/1.VIII.3/7/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, BPK RI Perwakilan Provinsi Maluku Utara adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Auditorat Keuangan Negara VI yang terdiri dari:
1. Sub Auditorat Maluku Utara;
Melakukan fungsi pemeriksaan pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Pemerintah Provinsi Maluku Utara, Kota Ternate, Kabupaten Halmahera Barat, Kabupaten Halmahera Utara, Kota Tidore Kepulauan, Kabupaten Halmahera Tengah, Kabupaten Halmahera Timur, Kabupaten Halmahera Selatan, Kabupaten Pulau Morotai dan Kabupaten Kepulauan Sula, serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut di atas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN.
2. Sekretariat Perwakilan;
Melakukan fungsi dukungan administrasi, hukum dan hubungan masyarakat, protokoler, serta sumber daya untuk kelancaran tugas dan fungsi BPK RI Perwakilan Provinsi Maluku Utara.
Guna menjalankan tugas, pokok dan fungsi sebagai lembaga negara yang melakukan pemeriksaanterhadap pengelolaan keuangan negara, dukungan sumber daya yang memadai merupakan faktor penting dalam mewujudkan tugas, pokok dan fungsi BPK RI secara maksimal. Pada tahun 2014, BPK RI Perwakilan Provinsi Maluku Utara memiliki dukungan sumber daya manusia berjumlah 26 orang.
