Klub saat ini dibentuk pada tahun 2007 melalui pemisahan bagian sepak bola dari asosiasi induk Heidenheimer Sportbund, klub olahraga yang lebih besar yang memiliki 5.800 anggota di 27 departemen. Kemandirian sisi sepak bola memungkinkannya beroperasi di bawah standar ekonomi yang lebih ketat yang ditetapkan untuk klub profesional yang merupakan anggota Asosiasi Sepak Bola Jerman.
Setelah lima musim di 3. Liga dengan klub selalu finis di paruh atas klasemen, 1. FC Heidenheim memenangkan liga pada musim 2013–14, dan mendapatkan promosi ke 2. Bundesliga untuk pertama kalinya. Pada saat yang sama, klub, menarik tim cadangannya yang bermain di Oberliga Baden-Württemberg, dari kompetisi setelah tim seperti itu tidak lagi wajib untuk klub profesional.
Pada hari pertandingan terakhir musim 2022–23, 1. FC Heidenheim berhasil mencetak dua gol di waktu tambahan untuk menang 3–2 melawan Jahn Regensburg, di mana mereka finis di puncak klasemen di depan Darmstadt atas selisih gol dan dipromosikan ke Bundesliga untuk pertama kalinya dalam sejarah mereka.
