Pereiro győzelme meglehetősen szokatlan körülmények között született meg. A verseny első hegyi szakaszain, a Pireneusokban több, mint fél órás hátrányt szedett össze az élen állókkal szemben. Már nem számoltak vele az összetettben, ezért a 13. szakaszon engedték, hogy megszökjön. Pereiro itt ledolgozta minden hátrányát, és habár a szakaszt Jens Voigt nyerte meg, átvette a sárga trikót Floyd Landistől. Az Alpok hegyi szakaszain viszont meglepetésre tartotta a lépést a legjobbakkal. Landis a 15. szakaszon visszavette a vezetést, de a 16. szakaszon látványosan elfáradt, majdnem 10 percnyi hátrányt szedett össze és Pereiro állt az élre ismét. A következő hegyi szakaszon viszont Landis bevállalt egy elsőre öngyilkosnak tűnő szökést, a teljes szakaszt egyedül mente végig és végül több, mint öt percet vert mindenkire. A különbség kettejük között minimálisra csökkent, amit Landis az utolsó egyéni időfutamon ledolgozott és Párizsban ő vehette át az összetett győztesnek járó sárga trikót. Pár nappal később kiderült, hogy Landis pozitív doppingmintát produkált a "hősies" győzelme után a 17. szakaszon.[2] Landistől elvették az összetett győzelmet és miután fellebbezése sikertelen volt, Pereiro lett a hivatalos győztes. Az ügy több, mint egy évvel később zárult le, tehát a 2007-es Tour de France úgy zajlott le, hogy nem lehetett tudni, ki a címvédő.
