Szathmári Paksi Mihály lelkész-tanár és Ember Judit (Ember Pál író leánya) fiaként született. Tanulmányait szülővárosában kezdte, majd 1734-től Sárospatakon folytatta. 1740. december 9-én az odera-frankfurti, 1741. december 16-án a franekeri egyetemre iratkozott be, ahol neve Stephanus Szathmáriként van bejegyezve. 1745-ben aszalói (Abaúj-Torna megye) lelkész lett, ahol feleségül vette a miskolci Óvári Máriát. 1747-ben tanár lett Debrecenben, ahol történelmet, latint s ógörög nyelvet és irodalmat tanított; 1760-ban áthelyezték a hittani tanszékre, ahol már előbb is több évig helyettesített. 1762-ben egyházkerületi jegyző lett, 1785. október 11-én pedig püspökké választották, mely hivatalát együtt folytatta a tanársággal, de erről 1790. január 18-án lemondott.
Munkái
Dissertatio theologico-philologica in vers. 13. cap. II. Hebr. Franekerae, 1743
Dissertatio quinta ad vaticinia Danielis de posteriore parte regni quarti. uo., 1744
Oszlop ember' halálán való siralma az Isten népének: Avagy, néhai tek. nemz. és vit. Domokos Márton urnak, …Debreczen városa sok esztendeig volt főbirájának… eltemettetésének alkalmatosságával tett halotti tanítás: mellyet 1764. Szent-György havának 6. napján a szomorú ház udvarán elmondott, Debrecen
E világi élet felett való választása a mennyei boldogságnak. Mellyről… Szuhai Erzsébet aszszonynak … báj… Patai Sámuel … úri párjának … temettetésekor a báj… gyászos uri háznak udvarán, 1765. jún. 30. együgyüen tanított. Hely n. (Szathmári Paksi Mihály és Pál beszédeivel együtt)
Hat napra való vallástevő vagy poenitentiális könyörgések. Hely n.
Utasítása az esperesekhez és egyes lelkészekhez, hogy az iskolákról szóló hivatalos tudósításokat a római katholikus tanfelügyelőkhöz semmi szín alatt ne küldjék, 1789. február 14. (M. Prot. Egyh. és Isk. Figyelmező 1873. 99. l.)
Írt latin gyászverset Muys franekeri tanár halálára (1744). A magyarországi reform. egyháznak üldöztetéséről írt éneket (1751-ben Sión siralma c. összesen száz strófa, a M. Prot. Egyh. és Isk. Figyelmezőben, 1875)
1779 C Plinius Ceacilii Secundi Consulis Panegyricius Nervae traiano augusto dictus – Levelek latinra fordítása
Források
Szinnyei József: Magyar írók élete és munkái I–XIV. Budapest: Hornyánszky. 1891–1914.