Himura Kensin felhagyott orgyilkos múltjával és Kamija Kaoru dodzsójában barátai társaságában egyszerű életet él. Az új kormány azonban ismét a segítségét kéri. Sisio Makoto, aki Kensinhez hasonlóan orgyilkosként dolgozott az új korszak eljöveteléért, most bosszút akar állni a kormányon, akik a munka végeztével élve felgyújttatták, hogy megszabaduljanak tőle. Sisio azonban túlélte, és most eltökélt szándéka uralma alá hajtani Japánt. Kensin kénytelen-kelletlen elvállalja, hogy megállítja Sisiót, bár ez Kaorunak nem tetszik. Kensin Kiotóba utazik, hogy szembeszálljon Sisióval és seregével.
