Niedermayert a Florida Panthers választotta ki az 1993-as NHL-drafton. Ekkor a Medicine Hat Tigersben a WHL-ben szereplő jégkorongcsapatában játszott. A következő szezonban azonnal játéklehetőséget kapott a floridai csapatban. Az 1995–1996-os szezonban szerezte eddigi pályafutása során a legtöbb gólt, gólpasszt és pontot. A rájátszásban a Florida a döntőig menetelt, ahol a Colorado Avalanche 4-0-lal győzte le őket. 2001 nyarán a Calgary Flames csapatához került, ahonnan Mighty Ducks of Anaheim csapatához igazolt, mellyel 2002–2003-as szezonban újra a Stanley-kupa döntőjébe jutott, de ismét vereséget szenvedett ezúttal testvére csapatától a New Jersey Devilstől. A 2004–2005-ös NHL-lockout alatt Jason Strudwickkal együtt néhány mérkőzésre Magyarországra a Ferencváros csapatába igazolt, amely a csapatra irányította a média figyelmét és jelentősen megnövelte a szurkolói érdeklődést is. 2005 nyarán Scott Niedermayer is a Mighty Ducks csapatához szerződött, így a fivérek egy csapatban játszhattak tovább, nem eredménytelenül. A 2006–2007-es szezonban, a már Anaheim Ducks néven szereplő gárda megnyerte a Stanley-kupát.