Az első fogadóépület 1848-ban készült el a Bécs–Pozsony és Břeclav–Pozsony vasútvonalakhoz. 1960-ban új épület készült az eredetitől 300 m-re északra. Ez elé 1987-ben egy nagy, félbevágott nyolcszög alakú, üvegkupolás fogadótermet húztak, amelyet a népnyelv „Üvegháznak” (Skleník) nevez. A pályaudvar kapacitását a vasúti forgalom növekedése rég meghaladta, de a hegyek miatt szűk helyen lévő állomást nem lehet bővíteni. A túlterheltség rendszeresen késéseket okoz a szomszédos Pozsony-Újváros és a Pozsonyligetfalu vasútállomásokon.
Napjainkban regionális és nemzetközi forgalmat is lebonyolít. Vonatok indulnak innen Budapest, Bécs, Prága és Ostrava felé.
A pályaudvar előtti teret 2012-ben Liszt Ferencről nevezték el.[1] A város vezetői az autóbusz-, trolibusz- és villamos-végállomásokkal zsúfolt tér átépítését tervezik, a terv az „Üvegház” lebontását is tartalmazza.