1 A felnőtt klubokban játszott mérkőzések és gólok csak a bajnoki mérkőzések adatait tartalmazzák. Utolsó elszámolt mérkőzés dátuma: 2017. július 17. 2 Utolsó elszámolt válogatott mérkőzés dátuma: 2017. július 17.
Stojanović az Arne Tabor, majd az ND Slovan és az NK Interblock csapataiban töltötte ifjúsági éveit, innen került a Maribor utánpótlás csapatához 2011-ben.[2][3] Joc Pečečnik, az Interblock tulajdonosa azzal vádolta meg Zlatko Zahovičot, a Maribor igazgatóját, hogy ellopta tőlük a legnagyobb szlovén tehetséget.[2] Stojanović pályafutása kezdetén kapusként játszott, később került a középpályás sor jobb oldalára, hogy idővel a legnagyobb szlovén tehetségként emlegessék.[2] A 2011-12 - es szezon második felében mutatkozott be a felnőttek között és a szlovén élvonalban. Debütálásakor 16 éves, öt hónapos és 18 napos volt, amivel új klubrekordot állított fel, megelőzve ezzel Luka Krajncot, aki egy szezonnal korábban két hónappal és 23 nappal volt idősebb nála, amikor lehetőséget kapott a Mariborban.[4]
2016. január 5-én öt évre szóló szerződést írt alá a Dinamo Zagreb csapatával, akik kétmillió eurót fizettek érte.[5][6]
