A típus a PC–7 Turbo Trainer jelentős továbbfejlesztése (azzal mindössze 10%-ban azonos), nagyobb és modern műszerezettségű kabint, kabintetőt és módosított szárnyat kapott, illetve Martin-Bakerkatapultülésekkel szerelték fel. Fejlesztése 1982-ben indult egy PC–7-es folyamatos átépítésével. Az első PC–9 prototípus 1984. május 7-én szállt fel, a második július 20-án. Ez utóbbi már a későbbi sorozatgyártás során alkalmazott avionikai rendszerekkel épült.
A légügyi hatóságok típusengedélyét 1985 szeptemberében kapta meg a típus. A program szerencsétlenségére ekkor vesztett tendert a Brit Királyi Légierőben a Short Tucano-val szemben. Ettől függetlenül a British Aerospace-el együtt kidolgozott marketingnek köszönhetően a Pilatus hamarosan megkötötte első megrendelését Szaúd-Arábiával. Azóta ötféle változatban több mint 265 darabot adtak el belőle katonai és polgári célra egyaránt.