A szexuális irányultságára vonatkozó pletykák az R.E.M. befutása után azonnal szárnyra kaptak. 1992-ben az is elterjedt, hogy Stipe elkapta a HIV-vírust. Bár a hír nem volt igaz, Stipe nem cáfolta: nem volt kedve felvenni a harcot az újságírókkal. Egy 2001-es Time magazinnak adott interjúban „queer művészként” határozta meg magát.[1] A Butt magazinnak adott interjújában[2] kifejti: mind a nőkhöz, mind a férfiakhoz vonzódik, bár utóbbiakhoz jobban; élete társát is egy férfiban találta meg. A meleg címkét viszont nem szívesen használja magára, mert a queer szerinte alkalmasabb az olyan átmeneti identitások leírására mint az övé. Egy 2008 márciusában megjelent cikk kapcsán szexuális irányultsága újra a média fókuszába került. Az interjúban[3] azt állítja: barátai és családja körében sosem titkolózott, de nem érezte, hogy erről a nyilvánosságnak is be kell számolnia. Az évek során azonban a véleménye megváltozott: „Mára rájöttem, hogy az, ha a közszereplők nyíltan beszélnek szexualitásukról, segíthet a srácoknak a világban.”