Szülei tanárok voltak. 1952–1956 között az Eötvös Loránd TudományegyetemBölcsészettudományi Karának hallgatója volt. 1963-ban szerzett egyetemi doktori címet, 1981-tól a művészettörténeti tudományok kandidátusa, 1985-től a történettudományok doktora.
1987 Vésztő–Mágor. A settlement of the Tisza culture. In: Tálas László (szerk.): The Late Neolithic of the Tisza region. Szolnok, 85-103. (tsz. Hegedűs Katalin)
1991 Az indoeurópai népek őstörténete. Gondolat, Budapest.
1992 Excavations at the Körös culture settlement of Endrőd – Öregszőlők 119 in 1986-1989. A preliminary report. In: Cultural and landscape changes in South–East Hungary, I. Reports on the Gyomaendrőd Project. Budapest, 121-193.
1993 A magyarság keltezése, Jász-Nagykun-Szolnok Megyei Múzeumok Igazgatósága, Szolnok, ISBN 963722551X
1997 Egy magyar amatőr véleménye az urali finnugorság származásáról
1997 Két öreg múzeumbarátom
1997 Előítéletek nélkül a jászokról
1997 Hogyan lettek a blakokból románok
1997 Censebant Christianos ex Iudaeis extitisse
1997 "A tempore regis Atile conservata"
1998 Hogyan kell történelmet írni?
1998 Az indoeurópai nyelvű népek őstörténete
2004 Angyol-magyar/Magyar-angol régészeti kifezeések szótára (Tulok Magdával)
2005 A székelyek
2005 Türkmagyarok – Turcohungarica. Bevezetés a történelmi tévtan tételeibe (Budapest)
2005 Ein Gründungsopfer der Tiszapolgár-Kultur von Vésztő-Mágor. In: Victor Spinei et al. (ed.): Scripta Praehistorica. Miscellanea in honorem nonagenarii magistri Mircea Petrescu-Dîmboviţa oblata. Honoraria 1. Iaşi, 201-215.
2006 Német-magyar/Magyar-német régészeti kifejezések szótára (Tulok Magdával)
2007 The excavations of the Early Neolithic sites of the Körös culture in the Körös valley, Hungary: the final report I. The excavations: stratigraphy, structures and graves. Trieste. (tsz. M. Kaczanowska, J. K. Kozłowski, T. Paluch, I. Pap, I. Vörös)
2008 The excavations of Early Neolithic sites of the Körös culture in the Körös valley, Hungary: the final report II: The pottery assemblages, III: The small finds: figurines, reliefs, face vessels, handled cups, altars, loomweights, netweights, and other small finds. Budapest. (tsz. Elisabetta Starnini)
2009 Az Árpádok szent kürtjei és a meótiszi kürtünnep; szerzői, Budapest. (Tractata minuscula)
2009 Indul a magyar Attila földjére; 2. átdolgozott, bővített kiadás; szerzői, Budapest, világhálós változat
2009 Nagy Theoderik utolsó útja a Csodaszarvas nyomában; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2009 Olasz – magyar és magyar – olasz régészeti kifejezések szótára; összeállította: Tulok Magda, Makkay János; Enciklopédia, Budapest
2009 Öntsünk tiszta vizet kagánok-Árpádok ivókürtjébe, óbort László király ezüst csészéjébe!; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2009 Siculica Hungarica. A székelyek az ősidők kezdeteitől magyarok. A kérdés Nagy Gézától László Gyuláig; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2009 Szvatopluk kivolta, hatalma, halála; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2010 Árpád fejedelem sírjának keresgélése-kutatása feleslegesen Deutsch-Altenburgban, sohasem komolyan Óbudán; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2010 Árpád-házi Imre herceg rejtélyes halála; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2010 Az Árpádok szent kelyhe és szent csészéje; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2010 Marosvártól Őscsanádig. Nevek és helyek összefüggései Anonymusnál. A regnum Szent István király szerint; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2011 György apród arany nyakperece Borisz fejedelem kijevi udvarában; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2011 Kis magyar Anonymus. Félresikerült tolmácsolások; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2011 A vérszerződéstől a szeri országgyűlésen át a Szent Koronáig; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
2012 Vésztő-Mágor. Ásatás a szülőföldön; Békés Megyei Múzeumok Igazgatósága, Békéscsaba
2014 Ásatás az alföldi vonaldíszes kerámia lelőhelyein Szarvason és Gyomán. Minótaurosz avagy kentaurosz? Appendix: fosszilis fából készült tárgyak a Körös kultúrában; szerzői, Budapest.
2016 Az Árpád-kor magyar személynevei; szerzői, Budapest (Tractata minuscula)
Kitüntetések, köszöntések
ÁRPÁD-PAJZS DÍJ "2007-ben Árpád-pajzs díjat hozott létre a Szörényi Levente által alapított Holdvilág-árok Alapítvány a pozsonyi csata és Árpád fejedelem halálának 1100. évfordulója alkalmából. A díjat a kuratórium azoknak ítéli, akik munkásságukkal és életvitelükkel, nemzetünkhöz való fennhéjázás nélküli ragaszkodásukkal arra érdemessé váltak." 2007. július 8-án elsők között heten kapták meg, köztük Makkay János.[4]
Tanítványok, munkatársak, barátok tisztelgő kötete Makkay János születésnapjára: Fekete Mária (szerk.)„...eleitől fogva.” Régész • tanár • ember. A 75 éves Makkay János köszöntése. SPECIMINA NOVA Suppl. 11/Vivarium Fontium, Tom. 6. Pécs 2011.[5]