Az Eötvös Loránd Tudományegyetem Bölcsészettudományi Karán szerzett magyar–történelem szakos tanári diplomát 1967-ben.
1990–91-ben a Művelődésügyi Minisztérium kabinetirodájának osztályvezetője, 1991 és 1994 között a Miniszterelnöki Tanácsadó Testület kormányfőtanácsosa. Tagja volt az 1956-os forradalom és szabadságharc alatti sortüzek történetét kutató Történeti Tényfeltáró Bizottságnak. 1996-tól a történettudomány kandidátusa. 1997-től 2013-ig a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Bölcsészettudományi Kar Történeti Intézetének intézetvezetője, jelenleg professor emeritusként tanít az egyetemen. 2013. július 1-jétől a Rendszerváltás Történetét Kutató Intézet és Archívum főigazgató-helyettese.
M. Kiss Sándor–Vitányi Iván: A magyar diákok szabadságfrontja; Antifasiszta Ifjúsági Emlékmű Szervezőbizottsága; Művelődéskutató Intézet, Bp., 1983
A szárszói beszéd és a népi mozgalom néhány összefüggése; Püski, New York, 1987
Kahler Frigyes–M. Kiss Sándor: Kinek a forradalma? Erőszakszervezetek 1956-ban, a fordulat napja, ismét sortüzek, a Nagy per; Püski–Kortárs, Bp., 1997
Olvasókönyv. Forradalom Somogyban – 1956; Püski, Bp., 1997
M. Kiss Sándor–Kahler Frigyes: Forradalom és szabadságharc Magyarországon, 1956; Korona, Bp., 2002
Kahler Frigyes–M. Kiss Sándor: "Mától kezdve lövünk". Tíz év után a sortüzekről; Kairosz, Bp., 2003
Rejtett dokumentumok. Forrásszemelvények az 1956-os forradalom és szabadságharc történetének tanulmányozásához; szerk. Kahler Frigyes, M. Kiss Sándor; Mundus, Bp., 2006 (1956/2006)
Utak 56-hoz, utak 56 után. Válogatott cikkek, esszék, tanulmányok, 1981-2005; Mundus, Bp., 2006 (1956/2006)
Rejtett dokumentumok. Forrásszemelvények az 1956-os forradalom és szabadságharc történetének tanulmányozásához; szerk. Kahler Frigyes, M. Kiss Sándor; Mundus, Bp., 2006 (1956/2006)
Kiss Réka–M. Kiss Sándor: A csalogány elszállt. Tóth Ilona tragikuma; Kairosz, Bp., 2007
M. Kiss Sándor–Raffay Ernő–Salamon Konrád: Magyarország sorstragédiái a 20. században; Éghajlat, Bp., 2011
A mában élő tegnapok. Tanulmányok a XIX. és XX. század történetéhez; szerk. M. Kiss Sándor, ifj. Bertényi Iván, Fejérdy Gergely; PPKE BTK, Piliscsaba, 2011 (Khronosz)
Rendszerváltás, 1989. Témák között válogatva. 15 tanulmány; szerk. M. Kiss Sándor; Antológia, Lakitelek, 2014 (Retörki könyvek)
Csalogányvadászok. Három tételben a Tóth Ilona ügyről, 1956–1966–1989. Kádár Jánostól – Kádár Jánosig; Éghajlat, Bp., 2015
Utak és útkereszteződések. Ünnepi tanulmányok M. Kiss Sándor tiszteletére; főszerk. Kahler Frigyes, szerk. Bank Barbara; Történelmi Ismeretterjesztő Társulat Egyesület, Bp., 2013
Utak a Teleki térről. Esszék és tanulmányok a 75 éves M. Kiss Sándor tiszteletére; összeáll. Szekér Nóra, Kávássy János, Nagymihály Zoltán; Antológia, Lakitelek, 2018 (Retörki könyvek)