Élete vége felé V. Pál pápa Rómába hívta meg, ahol a máltai rend lovagja lett.
Leghíresebb művei: Szent István megköveztetése a firenzei Uffizi-gyűjteményben, Krisztus a Pitti-palotában, Szent Ferenc stigmatizációja a firenzei akadémiában, Tóbiás és az angyal a szentpétervári Ermitázsban stb.
Cigoli a szabadabb, önállóbb fölfogás felé hajolt és főleg a kifejezésre fordított nagy gondot. Mint építész is kiváló, ő fejezte be a firenzei Pitti-palotát, ő építette a Gaddi-család kertjének kapuját és lépcsőjét, a Tornequinci-palota loggiáját, a Santa Felicita kolostor kapuzatát, a Strozzi-palota udvarát és a Rinuccini-palotát. Írt egy értekezést is az öt oszloprendről.
